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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4omn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the intertwined dimer of the c-Src tyrosine kinase SH3 domain mutant Q128E | ||||||
要素 | Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / beta-barrel sandwich / kinase (キナーゼ) / proline rich motifs | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / DCC mediated attractive signaling / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / 細胞結合 / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / ミトコンドリア内膜 / 細胞分化 / 細胞骨格 / endosome membrane / 細胞接着 / regulation of cell cycle / 細胞周期 / リン酸化 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Camara-Artigas, A. / Bacarizo, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: Electrostatic Effects in the Folding of the SH3 Domain of the c-Src Tyrosine Kinase: pH-Dependence in 3D-Domain Swapping and Amyloid Formation. 著者: Bacarizo, J. / Martinez-Rodriguez, S. / Martin-Garcia, J.M. / Andujar-Sanchez, M. / Ortiz-Salmeron, E. / Neira, J.L. / Camara-Artigas, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4omn.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4omn.ent.gz | 37.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4omn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 8680.484 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 変異: Q128E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase |
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-非ポリマー , 5種, 35分子
#2: 化合物 | ChemComp-PGE / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 5 詳細: 0.1M sodium acetate, 1.8 M ammonium sulphate, 10%PEG 200, 10%Glicerol, 10mM NDSB, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979491 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月14日 / 詳細: CHANNEL-CUT SI(111) + KB FOCUSING MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT, CRYOCOOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979491 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→42.56 Å / Num. obs: 14008 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 26.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 98.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4JZ4 解像度: 1.5→38.55 Å / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0.43 / 位相誤差: 15.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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