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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i11 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the intertwined form of the Src tyrosine kinase SH3 domain T114S-Q128R mutant | |||||||||
要素 | Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PROTEIN BINDING (タンパク質) / SH3 domain (SH3ドメイン) / INTERTWINED-DIMER / DOMAIN-SWAPPING (タンパク質ドメイン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Recycling pathway of L1 / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / 細胞結合 / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / ミトコンドリア内膜 / 細胞分化 / 細胞骨格 / endosome membrane / regulation of cell cycle / 細胞接着 / 細胞周期 / リン酸化 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Camara-Artigas, A. | |||||||||
資金援助 | スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the intertwined form of the Src tyrosine kinase SH3 domain T114S-Q128R mutant 著者: Camara-Artigas, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5i11.cif.gz | 49 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5i11.ent.gz | 34.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5i11.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/5i11 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4jz3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 6920.537 Da / 分子数: 1 / 変異: T114S, Q128R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase |
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-非ポリマー , 5種, 24分子
#2: 化合物 | ChemComp-PGE / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, 1.9M AMMONIUM SULPHATE, 5% PEG 400, 10% GLYCEROL, PH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月24日 / 詳細: Pair of KB mirrors for adjustable focusing |
放射 | モノクロメーター: Channel-cut double crystal monochromator (CINEL), cryocooled, 6mm gap プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→19.99 Å / Num. obs: 11377 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 30.44 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 27.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4jz3 解像度: 1.95→19.988 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.37 / 位相誤差: 22.92
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108 Å2 / Biso mean: 43.8468 Å2 / Biso min: 16.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→19.988 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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