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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lb2 | ||||||
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タイトル | X-ray study of human serum albumin complexed with idarubicin | ||||||
![]() | SERUM ALBUMIN![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() cellular response to calcium ion starvation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Z. / Ho, J.X. / Ruble, J. / Rose, J.P. / Carter, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of several clinically important oncology drugs in complex with human serum albumin. 著者: Wang, Z.M. / Ho, J.X. / Ruble, J.R. / Rose, J. / Ruker, F. / Ellenburg, M. / Murphy, R. / Click, J. / Soistman, E. / Wilkerson, L. / Carter, D.C. #1: ![]() 年: 2010 タイトル: Crystallographic survey of albumin drug interaction and preliminary applications in cancer chemotherapy 著者: Carter, D.C. #3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994 タイトル: Preliminary crystallographic studies of four crystal forms of serum albumin. 著者: Carter, D.C. / Chang, B. / Ho, J.X. / Keeling, K. / Krishnasami, Z. #4: ![]() タイトル: Erratum. Atomic Structure and Chemistry of Human Serum Albumin 著者: Ho, X.M. / Carter, D.C. #5: ![]() タイトル: Atomic structure and chemistry of human serum albumin. 著者: He, X.M. / Carter, D.C. #7: ジャーナル: Science / 年: 1989 タイトル: Three-dimensional structure of human serum albumin. 著者: Carter, D.C. / He, X.M. / Munson, S.H. / Twigg, P.D. / Gernert, K.M. / Broom, M.B. / Miller, T.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 234.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 196.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン: (詳細: chain B and segid HSB) NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'B' and segid 'HSB ') |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-609 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-DM5 / ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, POTASSIUM PHOSPHATE, Crystals of the complexes were obtained by standard vapor equilibration methods with conditions optimized by screens varying protein concentration, pH, drug ...詳細: PEG 3350, POTASSIUM PHOSPHATE, Crystals of the complexes were obtained by standard vapor equilibration methods with conditions optimized by screens varying protein concentration, pH, drug molar ratios, centered on the original crystallization hit using protocols described previously for the monoclinic [Carter, et al., Eur. J. Biochemistry (1994) 226: 1049-1052] and triclinic [Sugo, et al., Protein Eng (1999) 12: 439-446] crystal forms., pH 7.5, vapor diffusion, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月1日 / 詳細: CONFOCAL OPTICS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: CONFOCAL OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 31105 / % possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 4.351 / Net I/σ(I): 13.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.23 Å2 / Biso mean: 43.1098 Å2 / Biso min: 12.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.163 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 5405 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 12.635 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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