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- PDB-4kio: Kinase domain mutant of human Itk in complex with a covalently-bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kio
タイトルKinase domain mutant of human Itk in complex with a covalently-binding inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / KINASE DOMAIN (キナーゼ) / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell activation / NK T cell differentiation / : / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / T細胞 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase ...gamma-delta T cell activation / NK T cell differentiation / : / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / T細胞 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / intracellular signal transduction / リン酸化 / シグナル伝達 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G5K / Chem-G6K / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Somers, D.O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery of novel irreversible inhibitors of interleukin (IL)-2-inducible tyrosine kinase (Itk) by targeting cysteine 442 in the ATP pocket.
著者: Harling, J.D. / Deakin, A.M. / Campos, S. / Grimley, R. / Chaudry, L. / Nye, C. / Polyakova, O. / Bessant, C.M. / Barton, N. / Somers, D. / Barrett, J. / Graves, R.H. / Hanns, L. / Kerr, W.J. / Solari, R.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
C: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
D: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,67114
ポリマ－120,8584
非ポリマー2,81310
水10,413578
1
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6812
ポリマ－30,2141
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6812
ポリマ－30,2141
非ポリマー4671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4346
ポリマ－30,2141
非ポリマー1,2195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8754
ポリマ－30,2141
非ポリマー6613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.309, 69.279, 141.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase ITK/TSK / Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific ...Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific kinase / Tyrosine-protein kinase Lyk


分子量: 30214.492 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 変異: Y512E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITK, EMT, LYK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08881, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 588分子

#2: 化合物 ChemComp-G5K / 1-[(3S)-3-{[4-(morpholin-4-ylmethyl)-6-([1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-2-ylamino)pyrimidin-2-yl]amino}pyrrolidin-1-yl]prop-2-en-1-one


分子量: 466.559 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N8O2S
#3: 化合物 ChemComp-G6K / 1-[(3S)-3-{[4-(morpholin-4-ylmethyl)-6-([1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-2-ylamino)pyrimidin-2-yl]amino}pyrrolidin-1-yl]propan-1-one


分子量: 468.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N8O2S
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.85M ammonium sulphate, 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium citrate, 10mM dithiothreitol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→54.039 Å / Num. all: 68592 / Num. obs: 68592 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.18-2.32.90.35910.359199.8
2.3-2.442.90.2383.10.238199.8
2.44-2.612.90.1734.20.173199.7
2.61-2.812.90.1215.80.121199.6
2.81-3.082.90.0848.10.084199.5
3.08-3.452.90.0668.20.066198.9
3.45-3.982.90.0627.50.062198.5
3.98-4.872.80.0499.80.049197.7
4.87-6.892.80.04410.40.044198.7
6.89-54.0392.90.0385.90.038196.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.18→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / SU B: 8.974 / SU ML: 0.118 / SU R Cruickshank DPI: 0.1941 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20237 3473 5.1 %RANDOM
Rwork0.16534 ---
obs0.16725 65099 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.335 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0 Å2-1.44 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7681 0 191 578 8450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.97511110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.815317276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6725985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29823.611360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.433151379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9011552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8022.4113934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7992.413933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8554.0354915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8712.8944276
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.236 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 238 -
Rwork0.227 4788 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7921-4.67991.46667.8849-0.90852.21750.07270.50390.9747-0.6301-0.1636-0.6326-0.62310.47190.09090.2839-0.1270.04070.14360.08310.27512.02958.0089-10.6072
24.14910.34260.28793.02760.85493.31930.0898-0.22730.08870.2616-0.0507-0.1476-0.06740.2192-0.03910.0348-0.02420.00370.038-0.02020.058322.45530.360611.7647
35.15424.81311.70247.94560.68032.0456-0.1118-0.48121.0280.70830.0770.5242-0.6724-0.48680.03490.33620.19490.01790.1907-0.09510.39739.22711.772180.4427
43.7573-0.09110.74821.9281-0.66954.7455-0.0810.17160.0523-0.15470.11160.0533-0.327-0.1335-0.03060.085-0.03030.00020.06160.03810.0529-1.26054.98857.8572
52.1494-0.73080.20045.0222.59354.0220.0141-0.2639-0.64930.3195-0.08960.48060.5831-0.46630.07550.0998-0.04950.0070.11110.06440.2121-14.241214.13295.6302
62.6295-1.05361.26291.6161-1.08534.3954-0.0421-0.17-0.01150.09320.0242-0.0455-0.2483-0.03420.01790.04230.00350.0040.0181-0.00660.02980.222223.463725.1895
72.47491.2613-0.43455.1546-2.75584.2347-0.21130.1676-0.8308-0.33680.1599-0.45240.66350.47080.05140.15640.03170.05680.1859-0.08490.284235.807319.003165.0133
82.43040.77961.38281.44820.71565.2161-0.04310.2133-0.0452-0.10990.10740.0377-0.06040.1223-0.06430.1019-0.0994-0.00590.12250.02610.064422.360926.531344.2964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A355 - 437
2X-RAY DIFFRACTION2A438 - 619
3X-RAY DIFFRACTION3B355 - 437
4X-RAY DIFFRACTION4B438 - 619
5X-RAY DIFFRACTION5C355 - 437
6X-RAY DIFFRACTION6C438 - 620
7X-RAY DIFFRACTION7D355 - 437
8X-RAY DIFFRACTION8D438 - 618

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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