+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ho4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Protein from Mouse Mm.236127 | ||||||
Components | Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2 / Hdhd2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphatase activity / dephosphorylation / enzyme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / MAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Bitto, E. / Phillips Jr., G.N. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of Protein from Mouse Mm.236127 Authors: McCoy, J.G. / WESENBERG, G.E. / BITTO, E. / PHILLIPS JR., G.N. / BINGMAN, C.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ho4.cif.gz | 109.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb2ho4.ent.gz | 88.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ho4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2ho4 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | Two monomers in the asymmetric unit (chains A & B) |
-Components
#1: Protein | Mass: 28987.598 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Hdhd2 / Plasmid: PVP 16 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL834 P(RARE2) / References: UniProt: Q6PEB2, UniProt: Q3UGR5*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 53 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K Details: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML REDUCTIVELY METHYLATED PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 BisTris PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (0. ...Details: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML REDUCTIVELY METHYLATED PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 BisTris PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (0.3 M NaH2PO4, 1.7 M K2HPO4) AND CRYOPROTECTED WITH FOMBLIN FOLLOWED BY PARATONE N, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.97929 |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2006 / Details: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY |
Radiation | Monochromator: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMETER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97929 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→46.5 Å / Num. obs: 30718 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.469 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.344 / % possible all: 73.4 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MAD set | R cullis centric: 0 / Highest resolution: 2.2 Å / Lowest resolution: 41.87 Å / Power centric: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | R cullis centric: 0 / Power centric: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 30581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→46.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 13.685 / SU ML: 0.177 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.24 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.85 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→46.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
|