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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jva | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of RIIbeta(108-402) bound to HE33, a N6 di-propyl substituted cAMP analog | ||||||
要素 | cAMP-dependent protein kinase type II-beta regulatory subunitCAMP-dependent pathway | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / cAMP-dependent protein kinase (プロテインキナーゼA) / cyclic nucleotide analogs / isoform selectivity / fluorescence anisotropy / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GPER1 signaling / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 ...GPER1 signaling / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / DARPP-32 events / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / PKA activation / response to antipsychotic drug / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / ciliary base / cAMP-dependent protein kinase complex / protein kinase A catalytic subunit binding / cAMP binding / fatty acid metabolic process / dendritic shaft / 学習 / regulation of protein phosphorylation / modulation of chemical synaptic transmission / postsynapse / 樹状突起スパイン / protein domain specific binding / 中心体 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / 樹状突起 / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Brown, S.H.J. / Cheng, C.Y. / Saldanha, A.S. / Wu, J. / Cottam, H. / Sankaran, B. / Taylor, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: Implementing Fluorescence Anisotropy Screening and Crystallographic Analysis to Define PKA Isoform-Selective Activation by cAMP Analogs. 著者: Brown, S.H. / Cheng, C.Y. / Saldanha, S.A. / Wu, J. / Cottam, H.B. / Sankaran, B. / Taylor, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jva.cif.gz | 68.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jva.ent.gz | 48.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/4jva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/4jva | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34157.719 Da / 分子数: 1 / 断片: RIIbeta(108-402) of cAMP-dependent Protein Kinase / 変異: deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkar2b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12369 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: vapor diffusion under oil (vduo) / pH: 6 詳細: 20% PEG 4000, 80 mM Bis-Tris 6.0, and 50 mM MgCl2 using the Oryx crystallization robot (Douglas Instruments) in modified microbatch mode, vapor diffusion under oil (VDUO) , temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 15916 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 25.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 39.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.47→2.58 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 88.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CX4 解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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