PDB-4iv6: X-ray crystal structure of an isovaleryl-CoA dehydrogenase from M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iv6

タイトル

X-ray crystal structure of an isovaleryl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium smegmatis

要素

Acyl-CoA dehydrogenase FadE3

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID /

National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA dehydrogenase activity /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2013年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iv6.cif.gz	313.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iv6.ent.gz	255.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iv6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/4iv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/4iv6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3u0bC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lnx-2 1ws9-1 3pfd-d 3mpi-2 4m9a-d 5lnx-1 4p13-d 3mdd-1 2vig-2 1ivh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MysmA.01263.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase FadE3

B: Acyl-CoA dehydrogenase FadE3

ヘテロ分子

86.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-CoA dehydrogenase FadE3

B: Acyl-CoA dehydrogenase FadE3

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA dehydrogenase FadE3

B: Acyl-CoA dehydrogenase FadE3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.820, 105.820, 169.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-582- HOH
2	1	B-745- HOH

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase FadE3 / Isovaleryl-CoA dehydrogenase 分子量: 42329.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: fadE3, MSMEI_1947 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0QTW7, 短鎖アシルCoAデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.11 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: JCSG+ well B10: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.50, 50% PEG200, 21.63 mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 65695 / Num. obs: 64445 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 26.487 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 13.73

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2-2.05		0.551	3.31	27743	4720	99.4
2.05-2.11		0.451	4.04	27292	4651	99.4
2.11-2.17		0.377	4.85	26404	4496	99.2
2.17-2.24		0.311	5.86	25684	4365	99.2
2.24-2.31		0.27	6.75	24890	4246	99.1
2.31-2.39		0.23	7.71	24087	4087	98.8
2.39-2.48		0.196	9.06	23331	3953	98.8
2.48-2.58		0.172	10.04	22637	3832	98.7
2.58-2.7		0.146	11.76	21459	3636	98.4
2.7-2.83		0.125	13.3	20655	3499	98.3
2.83-2.98		0.104	15.37	19599	3326	98.1
2.98-3.16		0.087	18.16	18462	3149	97.9
3.16-3.38		0.072	21.64	17325	2964	97.6
3.38-3.65		0.06	25.38	15984	2758	97.2
3.65-4		0.05	29.6	14589	2528	96.8
4-4.47		0.046	31.49	13243	2304	96.4
4.47-5.16		0.044	31.23	11558	2043	96
5.16-6.32		0.046	29.04	10085	1743	95.1
6.32-8.94		0.035	33.07	7922	1356	93.6
	8.94	0.028	38.25	4357	789	89.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→45.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.152 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1848	3267	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1495	-	-	-
obs	0.1513	64429	98.21 %	-
all	-	65695	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.76 Å² / B_iso mean: 22.593 Å² / B_iso min: 5.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5809	0	106	665	6580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	6134
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.441	1.997	8330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3	13537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.62	5	799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.133	23.793	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.37	15	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.82	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6972
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.74	1.17	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.738	1.17	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.202	1.751	3873

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	255	-
R_work	0.206	4465	-
all	-	4720	-
obs	-	-	99.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4416	1.0601	-2.4326	5.4486	-3.0553	8.3318	-0.0969	0.0458	-0.3792	-0.2176	-0.0838	0.1464	1.0736	0.3298	0.1807	0.1872	0.0543	-0.0327	0.0503	-0.045	0.1728	53.7102	10.0094	28.2852
2	6.2539	0.0907	-3.621	0.8073	-0.3516	3.5541	-0.0032	0.1327	-0.2951	-0.1035	0.1196	0.2272	0.2802	-0.0815	-0.1164	0.1019	-0.0544	-0.078	0.0967	-0.0021	0.1591	42.2419	14.4066	25.0052
3	0.7391	-0.0594	-0.0281	0.3563	-0.0394	0.6245	0.0233	0.1208	-0.1496	-0.0555	0.0215	0.1537	0.0928	-0.1599	-0.0448	0.0347	-0.0326	-0.0416	0.1172	0.0044	0.0974	40.8639	24.4304	30.0499
4	1.3027	-1.0864	-0.4076	2.1202	0.4576	1.8953	0.0669	0.2462	-0.0693	-0.107	-0.0096	0.2242	-0.1002	-0.2975	-0.0573	0.0474	0.0184	-0.0555	0.1964	0.0472	0.1011	35.0103	38.2317	23.0119
5	0.4634	-0.1277	-0.1955	0.3386	-0.0896	0.2427	0.0124	0.0447	-0.1152	-0.0521	0.0189	0.1015	0.0565	-0.0646	-0.0313	0.0673	-0.0064	-0.023	0.0881	0.0023	0.0732	55.1471	24.6017	33.8301
6	1.6813	-0.5179	-1.1262	0.3843	0.5106	1.3068	-0.011	0.0376	-0.0834	-0.0248	0.0122	0.0399	0.0416	-0.0453	-0.0013	0.0829	0.0041	-0.0019	0.0514	0.0029	0.0633	63.3682	25.178	32.9602
7	1.0475	-0.344	-1.4289	0.4332	0.6322	4.2776	0.0196	-0.0365	-0.1077	-0.0263	0.0087	0.1036	0.0106	-0.0462	-0.0282	0.057	0.0059	-0.0094	0.0865	0.0312	0.0872	52.0485	35.8062	43.3216
8	3.3171	2.882	0.7813	5.2078	0.2926	2.2125	-0.1336	0.1587	0.3174	-0.1276	-0.0004	0.2143	-0.5088	-0.1722	0.134	0.1842	0.0745	0.0186	0.0653	0.0331	0.064	77.5092	48.5085	12.5074
9	0.9244	-0.2306	-0.3106	0.9488	0.3108	0.3691	0.0202	0.1039	0.0352	-0.1089	0.0073	-0.176	-0.1267	-0.0426	-0.0275	0.1237	-0.0057	0.0508	0.0526	0.0084	0.075	90.3359	39.5892	11.0289
10	1.667	-0.2037	-1.0907	0.9456	0.0929	2.2871	-0.0398	-0.0302	-0.0457	-0.0202	-0.0194	-0.0813	0.0131	0.0949	0.0592	0.0634	0.0017	0.0452	0.0563	-0.0086	0.0562	94.7648	16.4333	16.1566
11	1.3647	-0.5727	0.4552	1.9161	-0.1103	1.7187	-0.0521	0.0061	0.0244	-0.0071	0.0292	-0.1663	-0.0303	0.0395	0.0229	0.0571	-0.0045	0.0469	0.0277	-0.0117	0.0546	95.1677	20.7802	13.4027
12	1.7657	-0.4798	-0.6649	0.7767	0.6129	1.0737	-0.0284	0.1462	0.0433	-0.0739	0.0071	-0.1191	-0.0299	0.0123	0.0213	0.0652	-0.0139	0.0297	0.0212	0.006	0.053	92.5742	22.6557	13.0616
13	2.4544	-0.4529	-0.5491	0.2456	0.0548	0.3663	0.045	0.0237	0.0169	-0.0578	-0.0141	-0.0038	-0.0367	-0.0082	-0.031	0.0896	0.0096	0.0187	0.0437	0.0045	0.0479	74.3024	45.6517	29.4452
14	1.3926	-0.3096	0.4642	0.3081	-0.129	0.5984	0.0278	0.0861	0.0316	-0.0485	-0.0291	-0.0265	-0.001	0.0373	0.0013	0.0835	0.0105	0.0094	0.0551	0.009	0.0507	78.5612	35.9081	30.1505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	62 - 134
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	135 - 196
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	197 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	308 - 356
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	357 - 384
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 31
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	32 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	121 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	155 - 195
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	196 - 233
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	234 - 307
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	308 - 384

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)