PDB-3pfd: Crystal structure of an Acyl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pfd

タイトル

Crystal structure of an Acyl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium thermoresistibile bound to reduced flavin adenine dinucleotide solved by combined iodide ion SAD MR

要素

Acyl-CoA dehydrogenase

アシルCoAデヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID /

dehydrogenase (脱水素酵素) / de novo phase determination / iodide ion SAD / acyl coA dehydrogenase / reduced flavin adenine dinucleotide / FAD /

fatty acid metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA dehydrogenase activity /

flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)

手法

X線回折 / SAD WITH molecular replacement /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2011
タイトル: SAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment.
著者: Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2010年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pfd.cif.gz	567.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pfd.ent.gz	467 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pfd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pfd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k9gC 3km3C 3kw3C 3luzC 3menC 3njbC 3o2eC 3oibC 3p96C 3pm6C 1jqiS 3nf4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lnx-2 4l1f-1 4m9a-d 3mpj-2 2vig-2 1ege-d 4iv6-1 3mpi-2 3mpj-1 4p13-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MythA.00185.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase

B: Acyl-CoA dehydrogenase

C: Acyl-CoA dehydrogenase

D: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

D: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.430, 114.550, 92.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	18 - 389
2	1	1	6	B	18 - 389
3	1	1	6	C	18 - 389
4	1	1	6	D	18 - 389

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase / アシルCoAデヒドロゲナーゼ分子量: 42068.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア) 株: ATCC 19527 / NCTC 10409 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CNE7*PLUS, EC: 1.3.99.3
#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#3: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: MythA00185bA1 PS00649 116 mg/mL grown against JCSG+ C1 0.2 M NaCl, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 20% PEG 8000 and soaked for 20 minutes against 15% PEG 8000, 25% PEG 400, 1 M NaI, 0.1 M ...詳細: MythA00185bA1 PS00649 116 mg/mL grown against JCSG+ C1 0.2 M NaCl, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 20% PEG 8000 and soaked for 20 minutes against 15% PEG 8000, 25% PEG 400, 1 M NaI, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, crystal tracking ID 216661c1-1MNaI, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: MythA00185bA1 PS00649 116 mg/mL grown against JCSG+ C1 0.2 M NaCl, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 20% PEG 8000 and soaked for 20 minutes against 15% PEG 8000, 25% PEG 400, 1 M NaI, 0.1 M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 650541 / R_merge(I) obs: 0.11 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 177142 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
6.64	9.39	3648	99.8	1	0.038
5.42	6.64	4739	100	1	0.054
4.7	5.42	5596	100	1	0.048
4.2	4.7	6341	100	1	0.044
3.83	4.2	7059	99.8	1	0.047
3.55	3.83	7585	99.8	1	0.057
3.32	3.55	8253	99.8	1	0.07
3.13	3.32	8675	99.9	1	0.085
2.97	3.13	9226	99.9	1	0.113
2.83	2.97	9734	99.9	1	0.137
2.71	2.83	10168	99.8	1	0.164
2.6	2.71	10604	99.9	1	0.179
2.51	2.6	10990	99.9	1	0.219
2.42	2.51	11416	99.9	1	0.258
2.35	2.42	11713	99.8	1	0.277
2.28	2.35	12186	99.8	1	0.308
2.21	2.28	12525	99.8	1	0.335
2.15	2.21	12822	99.8	1	0.403
2.1	2.15	11935	89.8	1	0.476

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 89991 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.921 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 11.74

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.1-2.15		6.2	0.531	3.5	37668	6704	6114	91.2
2.15-2.21			0.443	4.4	45792		6488	100
2.21-2.28			0.371	5.2	45188		6336	100
2.28-2.35			0.34	5.6	44115		6164	100
2.35-2.42			0.308	6.2	42713		5926	100
2.42-2.51			0.286	6.5	41873		5779	100
2.51-2.6			0.245	7.5	40408		5561	100
2.6-2.71			0.201	8.8	39241		5370	100
2.71-2.83			0.186	9.4	37853		5152	100
2.83-2.97			0.156	10.9	36466		4932	100
2.97-3.13			0.132	12.6	34726		4679	100
3.13-3.32			0.1	15.9	32762		4405	100
3.32-3.55			0.083	18.9	31233		4196	100
3.55-3.83			0.071	22	28755		3857	100
3.83-4.2			0.062	25	26781		3599	100
4.2-4.7			0.061	25.8	24084		3235	100
4.7-5.42			0.073	24.4	21331		2857	100
5.42-6.64			0.088	22.1	18085		2432	100
6.64-9.39			0.064	27.8	13796		1890	100
	9.39		0.065	30	7018		1019	96.5

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.1 Å / D res low: 29.47 Å / FOM : 0.525 / FOM acentric: 0.529 / FOM centric: 0.395 / 反射: 89868 / Reflection acentric: 87142 / Reflection centric: 2307

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.91-13.29	0.787	0.809	0.564	518	470	48
8.25-9.91	0.772	0.778	0.696	641	591	46
7.22-8.25	0.745	0.752	0.636	755	705	49
6.49-7.22	0.708	0.714	0.598	848	799	48
5.95-6.49	0.71	0.719	0.538	928	883	45
5.53-5.95	0.693	0.704	0.483	1006	957	49
5.18-5.53	0.676	0.689	0.377	1056	1009	47
4.89-5.18	0.662	0.676	0.327	1140	1093	46
4.65-4.89	0.679	0.686	0.488	1184	1139	44
4.44-4.65	0.662	0.672	0.411	1286	1234	51
4.25-4.44	0.644	0.65	0.503	1305	1257	47
4.09-4.25	0.647	0.656	0.433	1349	1297	49
3.94-4.09	0.614	0.622	0.392	1419	1372	43
3.81-3.94	0.621	0.629	0.4	1480	1423	51
3.69-3.81	0.62	0.629	0.369	1497	1441	50
3.58-3.69	0.592	0.6	0.302	1575	1526	43
3.48-3.58	0.571	0.58	0.304	1620	1566	52
3.39-3.48	0.555	0.559	0.394	1647	1597	42
3.31-3.39	0.561	0.567	0.378	1686	1633	49
3.23-3.31	0.553	0.558	0.369	1743	1692	46
3.16-3.23	0.558	0.566	0.268	1791	1739	47
3.09-3.16	0.552	0.558	0.303	1785	1736	44
3.02-3.09	0.561	0.565	0.372	1858	1811	46
2.96-3.02	0.544	0.549	0.37	1918	1865	51
2.91-2.96	0.536	0.541	0.329	1930	1882	45
2.85-2.91	0.525	0.53	0.351	1963	1914	46
2.8-2.85	0.52	0.523	0.396	2036	1978	54
2.75-2.8	0.526	0.528	0.46	2015	1974	40
2.71-2.75	0.51	0.514	0.354	2085	2027	48
2.66-2.71	0.503	0.507	0.33	2094	2051	39
2.62-2.66	0.511	0.516	0.332	2143	2081	56
2.58-2.62	0.508	0.51	0.349	2156	2113	38
2.54-2.58	0.5	0.502	0.372	2218	2162	51
2.51-2.54	0.481	0.484	0.344	2244	2202	38
2.47-2.51	0.481	0.485	0.336	2266	2209	51
2.44-2.47	0.487	0.49	0.356	2286	2234	43
2.41-2.44	0.474	0.478	0.306	2340	2288	46
2.38-2.41	0.476	0.479	0.34	2345	2293	47
2.35-2.38	0.46	0.461	0.446	2416	2364	42
2.32-2.35	0.463	0.465	0.363	2410	2358	43
2.29-2.32	0.462	0.464	0.398	2484	2433	44
2.26-2.29	0.457	0.459	0.327	2471	2420	43
2.24-2.26	0.442	0.444	0.356	2502	2438	53
2.21-2.24	0.445	0.448	0.338	2547	2495	41
2.19-2.21	0.436	0.438	0.32	2559	2502	47
2.17-2.19	0.423	0.426	0.307	2584	2525	47
2.14-2.17	0.419	0.421	0.313	2632	2558	48
2.12-2.14	0.422	0.423	0.451	2409	2294	40
2.1-2.12	0.433	0.437	0.316	2353	2218	37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法: SAD WITH molecular replacement
開始モデル: 1jqi

1jqi

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.1863 / WR_factor R_work: 0.1541 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8883 / SU B: 7.088 / SU ML: 0.106 / SU R Cruickshank DPI: 0.2022 / SU R_free: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2068	4507	5 %	RANDOM
R_work	0.1691	-	-	-
obs	0.171	89872	99.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.4 Å² / B_iso mean: 21.3214 Å² / B_iso min: 7.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	-0.36 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10870	0	321	623	11814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	11292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.393	1.983	15327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.346	5	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.866	23.87	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.581	15	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.561	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.664	1.5	7291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.17	2	11553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.033	3	4001
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.262	4.5	3771

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2652 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.21	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.26	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
4	D	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
1	A	LOOSE THERMAL	2.55	10
2	B	LOOSE THERMAL	1.77	10
3	C	LOOSE THERMAL	3.25	10
4	D	LOOSE THERMAL	2.14	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	302	-
R_work	0.194	5793	-
all	-	6095	-
obs	-	-	91.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4235	0.0372	0.0688	0.4977	0.3136	0.5135	-0.0196	-0.0688	-0.0578	0.041	-0.0322	0.0322	0.0039	-0.033	0.0519	0.0818	-0.0096	0.0295	0.089	-0.0067	0.0814	26.7449	36.0669	45.2642
2	0.3679	-0.0939	-0.1468	0.7826	0.1307	0.4325	0.0434	0.0178	0.038	0.0032	-0.032	0.0362	-0.0855	-0.0392	-0.0113	0.0993	0.0201	0.0153	0.0407	-0.0154	0.0966	24.7353	56.4525	33.9277
3	0.1007	0.1021	-0.0572	0.8793	0.401	0.352	0.0435	-0.0364	-0.0035	0.04	-0.0535	-0.0418	0.0267	-0.0186	0.01	0.1	-0.0061	-0.0048	0.0888	0.0007	0.0789	41.1401	24.4974	36.7035
4	0.3625	0.2946	0.0031	0.2694	0.0307	0.121	-0.0117	-0.0239	0.0271	-0.0271	0.0119	-0.0001	0.0045	-0.009	-0.0002	0.0783	0.0039	-0.0059	0.0833	-0.0027	0.1025	39.4354	35.2646	30.6985
5	0.0538	0.1059	0.0571	0.3292	0.1101	0.7336	0.0001	0.0264	0.0236	-0.0539	-0.0144	0.0218	0.1178	-0.0524	0.0143	0.1053	0.003	-0.0179	0.1078	-0.0067	0.0587	28.867	15.0094	3.4127
6	0.4856	0.1642	0.0386	1.3958	0.2983	0.5274	0.0581	0.0103	0.0541	0.0014	-0.0471	0.0301	0.2183	-0.1536	-0.011	0.1677	-0.0658	-0.029	0.0576	-0.008	0.038	25.1901	1.2001	13.0992
7	0.0568	-0.0639	-0.0038	0.4423	0.4213	0.499	0.06	0.0637	0.0378	-0.0343	-0.0817	-0.0652	-0.0027	-0.0262	0.0217	0.0824	0.0315	0.0098	0.1144	0.0221	0.0939	42.5132	35.5341	10.3357
8	0.3795	-0.3569	-0.0387	0.6196	0.0616	0.1282	0.0251	0.0598	0.0097	0.0025	-0.0408	-0.0233	0.0326	-0.0367	0.0157	0.0857	-0.0022	-0.0093	0.0879	-0.0069	0.0855	40.2425	22.8719	16.0397
9	0.6655	0.0177	0.0288	0.3402	-0.118	0.3258	0.0256	0.2224	-0.0506	-0.0002	-0.0522	-0.0382	0.0312	0.1268	0.0266	0.0308	0.0455	0.0304	0.1797	0.0197	0.046	74.6359	29.2263	0.7056
10	0.9238	0.123	0.1373	0.7808	-0.448	0.963	-0.0068	0.1483	0.1403	-0.0292	-0.048	-0.1079	0.0032	0.1425	0.0548	0.0121	0.0095	0.0251	0.1419	0.1081	0.1242	77.5849	45.9335	0.4392
11	0.2406	-0.1797	0.1429	0.1492	-0.1855	0.7343	0.0879	0.0577	-0.0547	-0.0458	-0.0285	0.0426	0.0673	0.0418	-0.0594	0.0928	0.0165	-0.0146	0.0821	-0.0097	0.0972	60.3634	16.4139	17.484
12	0.3108	-0.2658	0.2493	0.2883	-0.1468	0.438	0.0181	0.0747	-0.0222	0.0014	-0.0272	-0.0058	-0.0046	0.0505	0.0092	0.0659	0.0075	0.0041	0.1095	0.0136	0.0957	62.0973	30.0501	14.2417
13	0.9865	-0.0582	-0.527	0.2707	-0.1586	1.2053	-0.0606	-0.0269	0.1283	0.1275	0.0454	-0.0973	-0.0482	0.0243	0.0153	0.0772	-0.005	-0.0494	0.0566	-0.0169	0.1119	73.0826	37.8145	47.4035
14	0.4561	-0.2878	0.1164	0.744	-0.4223	0.2983	-0.0613	-0.0089	-0.0287	0.082	0.0382	-0.0796	-0.0196	0.0197	0.0231	0.0758	0.0301	-0.0374	0.0754	0.0116	0.0947	75.3848	15.3143	49.848
15	0.0859	0.0121	-0.0789	0.2564	-0.3813	1.011	0.0194	-0.0175	0.0887	0.0335	0.0165	0.003	-0.0024	0.0339	-0.0359	0.0675	-0.0075	-0.008	0.082	0.0072	0.1164	59.6424	40.7045	32.4224
16	0.3029	0.2336	-0.1285	0.2524	-0.1085	0.2463	0.0147	-0.0242	0.0414	0.0152	0.0022	-0.0073	0.0535	0.0365	-0.0169	0.0713	0.0067	-0.0156	0.0842	0.0102	0.1101	61.2037	28.444	34.4461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	99 - 246
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	247 - 313
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	314 - 389
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	18 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	150 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	252 - 313
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	314 - 389
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	19 - 149
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	150 - 251
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	252 - 313
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	314 - 389
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	18 - 88
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	89 - 246
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	247 - 313
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	314 - 389

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)