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- PDB-3tl3: Structure of a short-chain type dehydrogenase/reductase from Myco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tl3
タイトルStructure of a short-chain type dehydrogenase/reductase from Mycobacterium ulcerans
要素Short-chain type dehydrogenase/reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Short-chain type dehydrogenase/reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain type dehydrogenase/reductase
B: Short-chain type dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2343
ポリマ－53,2112
非ポリマー231
水5,044280
1
A: Short-chain type dehydrogenase/reductase
B: Short-chain type dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子

A: Short-chain type dehydrogenase/reductase
B: Short-chain type dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4686
ポリマ－106,4224
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area33580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.946, 73.245, 109.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Short-chain type dehydrogenase/reductase


分子量: 26605.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
株: Agy99 / 遺伝子: MUL_0987 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PMN1, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25.7 mg/mL MyulA.00554.a.A1 PS00974. 0.1 M MMT buffer, pH 8.0, 25% PEG1500, cryoprotection 20% ethylene glycol , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 38385 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.884.90.43518961.085199
1.88-1.924.80.39118421.076198.7
1.92-1.954.80.33218971.07199.1
1.95-1.994.90.27118741.055198.9
1.99-2.044.90.23619151.044199.4
2.04-2.084.90.20918651.072199.5
2.08-2.144.90.17618921.05199.5
2.14-2.194.90.14619001.029199.1
2.19-2.264.80.14918831.018199.7
2.26-2.334.90.13318941.034199.3
2.33-2.414.80.11119190.998199.7
2.41-2.514.80.10419241.003199.6
2.51-2.634.80.09919110.994199.7
2.63-2.764.80.08719140.95199.7
2.76-2.944.80.07619310.991199.8
2.94-3.164.80.07319321.06199.8
3.16-3.484.70.06619541.053199.7
3.48-3.994.60.05819621.038199.9
3.99-5.024.60.04619911.064199.7
5.02-504.50.05520891.064199.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 54.1 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.11 Å
Translation2.5 Å49.11 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UAY

1uay


解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.2129 / WRfactor Rwork: 0.1838 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8789 / SU B: 4.988 / SU ML: 0.077 / SU R Cruickshank DPI: 0.1369 / SU Rfree: 0.1221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2045 1914 5 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.1788 38188 98.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.15 Å2 / Biso mean: 21.8065 Å2 / Biso min: 10.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 1 280 3591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193389
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.9754624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91435301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8185479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67523.719121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89515511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9621528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02646
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.897 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 140 -
Rwork0.208 2390 -
all-2530 -
obs--96.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4565-0.0675-0.02871.67320.00291.52340.02970.00860.0214-0.184-0.0125-0.07320.04420.0859-0.01710.06880.0090.00950.0407-0.00750.0202-14.0987-19.9726-24.5804
23.23881.3973-0.16811.50120.43760.80770.12460.08490.0383-0.0869-0.0382-0.0124-0.0360.0047-0.08650.10160.0161-0.00180.07740.02120.0636-16.8097-6.995-21.9015
33.21522.5112-0.51873.183-0.3580.75720.0381-0.00750.0755-0.00830.0201-0.0975-0.0869-0.0036-0.05820.08110.00230.00210.0712-0.00010.0537-16.0406-6.2607-12.6614
41.36810.1520.61390.9243-0.0651.4853-0.02440.1307-0.0163-0.0348-0.0159-0.1342-0.02180.24640.04030.0687-0.00240.00540.09170.01090.0526-8.5248-14.7573-8.4096
51.443-0.0109-0.00751.4668-0.09271.0962-0.0340.04940.0613-0.1488-0.01470.0258-0.075-0.05450.04870.0864-0.0067-0.01260.04570.02980.0357-14.048625.0517-17.9617
64.0932.87071.06883.81931.03751.61940.04030.1391-0.114-0.1030.0263-0.1233-0.04270.0652-0.06660.09470.00960.02320.07490.0090.0485-7.585313.3127-18.3534
71.26160.66920.78281.82050.80381.54270.0291-0.0487-0.0279-0.0798-0.07360.2250.0928-0.08810.04450.0622-0.00160.00660.04710.01270.0605-14.54199.3794-10.5983
81.71760.0149-0.29360.6268-0.09211.1285-0.00630.0834-0.0399-0.0622-0.00570.0565-0.0017-0.15160.01190.0724-0.0031-0.00060.07130.00040.0447-19.828815.7781-4.5852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2A94 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3A136 - 176
4X-RAY DIFFRACTION4A177 - 248
5X-RAY DIFFRACTION5B5 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6B99 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7B136 - 174
8X-RAY DIFFRACTION8B175 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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