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Yorodumi- PDB-5ej2: Crystal structure of Carveol dehydrogenase from Mycobacterium avi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ej2 | |||||||||
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Title | Crystal structure of Carveol dehydrogenase from Mycobacterium avium in complex with NAD | |||||||||
Components | Carveol dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Carveol dehydrogenase / NAD / dehydrogenase / Mycobacterium avium / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | |||||||||
Function / homology | Function and homology information (+)-trans-carveol dehydrogenase / (+)-trans-carveol dehydrogenase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacterium avium (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Mycofactocin-associated mycobacterial dehydrogenases with non-exchangeable NAD cofactors. Authors: Haft, D.H. / Pierce, P.G. / Mayclin, S.J. / Sullivan, A. / Gardberg, A.S. / Abendroth, J. / Begley, D.W. / Phan, I.Q. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Marathias, V.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. #1: Journal: Tuberculosis (Edinb) / Year: 2015 Title: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets. Authors: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...Authors: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ej2.cif.gz | 434.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ej2.ent.gz | 356.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ej2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ej2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ej2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3oecC 3pgxC 3pxxC 3s55C 3sx2C 3t7cC 3tscC 4rgbC 3uveS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32846.352 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium avium (bacteria) / Strain: 104 / Gene: MAV_2983 / Plasmid: MyavA.01326.q.A1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A0H2ZYS9, (+)-trans-carveol dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MPD / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: JCSG+ A11 optimized: 50% MPD, 200mM Ammonium phosphate, 100mM Tris pH 8.5; MyavA.01326.q.A1.PS00712 at 26.9mg/ml; cryo: 15% EG; tray: 220331a8; puck dzb3-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.9774 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 16, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 68679 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.76 % / Biso Wilson estimate: 21.97 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 15.17 / Num. measured all: 395887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3uve Resolution: 2.15→48.136 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.37 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.73 Å2 / Biso mean: 27.2262 Å2 / Biso min: 7.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→48.136 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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