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万見
- PDB-4iml: CrossFab binding to human Angiopoietin 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iml
タイトルCrossFab binding to human Angiopoietin 2
要素
  • Crossed heavy chain (VH-Ckappa)
  • Crossed light chain (VL-CH1)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CrossFab / antigen binding (抗原) / human Angiopoietin 2 (アンジオポエチン)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.931 Å
データ登録者Fenn, S. / Schiller, C. / Griese, J. / Hopfner, K.-P. / Kettenberger, H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of an Anti-Ang2 CrossFab Demonstrates Complete Structural and Functional Integrity of the Variable Domain.
著者: Fenn, S. / Schiller, C.B. / Griese, J.J. / Duerr, H. / Imhof-Jung, S. / Gassner, C. / Moelleken, J. / Regula, J.T. / Schaefer, W. / Thomas, M. / Klein, C. / Hopfner, K.P. / Kettenberger, H.
履歴
登録2013年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Crossed heavy chain (VH-Ckappa)
L: Crossed light chain (VL-CH1)
A: Crossed heavy chain (VH-Ckappa)
B: Crossed light chain (VL-CH1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7796
ポリマ－98,5954
非ポリマー1842
水1267
1
H: Crossed heavy chain (VH-Ckappa)
L: Crossed light chain (VL-CH1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3903
ポリマ－49,2972
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
2
A: Crossed heavy chain (VH-Ckappa)
B: Crossed light chain (VL-CH1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3903
ポリマ－49,2972
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.755, 80.552, 158.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain H and (resseq 1:232 ) and (not element H) and (not element D)
211chain A and (resseq 1:232 ) and (not element H) and (not element D)
112chain L and (resseq 2:210 ) and (not element H) and (not element D)
212chain B and (resseq 2:210 ) and (not element H) and (not element D)

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 Crossed heavy chain (VH-Ckappa)


分子量: 27083.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Crossed light chain (VL-CH1)


分子量: 22213.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 17.5-20 %(w/v) PEG6000, 0.1 M citric acid, 0.2 M NDSB-221, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.795→44.133 Å / Num. obs: 24225

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.931→44.133 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 32.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1060 5.01 %
Rwork0.237 --
obs0.2387 21156 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8085 Å20 Å20 Å2
2---9.0101 Å20 Å2
3---2.2016 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.931→44.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6724 0 12 7 6743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036914
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8639412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9162453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581038
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041214
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11H1792X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A1792X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.085
21L1531X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B1531X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9309-3.06420.34371190.34122247X-RAY DIFFRACTION90
3.0642-3.22570.37621310.29872497X-RAY DIFFRACTION100
3.2257-3.42780.31731330.26822515X-RAY DIFFRACTION100
3.4278-3.69230.25841330.24212507X-RAY DIFFRACTION100
3.6923-4.06360.28561330.23742524X-RAY DIFFRACTION100
4.0636-4.65110.21711340.19442545X-RAY DIFFRACTION100
4.6511-5.85770.2631350.20442579X-RAY DIFFRACTION100
5.8577-44.13780.24311420.23882682X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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