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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gje | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the refolded amino-terminal domain of human cardiac troponin C in complex with cadmium | ||||||
要素 | Troponin C, slow skeletal and cardiac musclesトロポニンC | ||||||
キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / HELIX-LOOP-HELIX EF-HAND MOTIF / CALCIUM SENSOR / CADMIUM BINDING (カドミウム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / トロポニン / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion ...diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / トロポニン / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Paetzel, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: The structure of cardiac troponin C regulatory domain with bound Cd(2+) reveals a closed conformation and unique ion coordination. 著者: Zhang, X.L. / Tibbits, G.F. / Paetzel, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gje.cif.gz | 53.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gje.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gje.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/4gje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/4gje | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10070.304 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN (unp residues 1-89) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC, TNNC1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63316 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: cadmium sulphate 0.05M, sodium acetate 1.0M, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97921 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 11929 / Num. obs: 11912 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 2.142 / Net I/σ(I): 18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→42.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 2.112 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.3 Å2 / Biso mean: 28.3211 Å2 / Biso min: 13.56 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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