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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bep | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Legionella pneumophila FIC domain-containing effector AnkX protein (apo-form) | ||||||
要素 | PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / PHOSPHOCHOLINATION / TYPE IV SECRETION SYSTEM EFFECTOR (分泌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphocholine transferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / regulation of GTPase activity / host cell cytoplasm / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | LEGIONELLA PNEUMOPHILA (レジオネラ・ニューモフィラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.14 Å | ||||||
データ登録者 | Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2013 タイトル: Structure of the Legionella Effector Ankx Reveals the Mechanism of Phosphocholine Transfer by the Fic Domain. 著者: Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bep.cif.gz | 388.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bep.ent.gz | 333.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4bep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4bep | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.214, 0.9482, -0.2348), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58914.266 Da / 分子数: 2 / 断片: FIC AND ANKYRIN REPEATS DOMAINS, RESIDUES 2-484 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (レジオネラ・ニューモフィラ) 株: PHILADELPHIA 1 / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS 参照: UniProt: Q5ZXN6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | L247P (CLONING ARTEFACT) N-TERMINAL HIS-6 TAG NOT CLEAVED BY TEV PROTEASE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE, 15-25% PEG 3350, 0.05 M HEPES PH 7.8-8.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9792 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.14→44 Å / Num. obs: 20682 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.33 |
反射 シェル | 解像度: 3.14→3.33 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.14→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 53.847 / SU ML: 0.425 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.553 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 108.032 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.14→44 Å
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拘束条件 |
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