+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6x08 | ||||||
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Title | Nup85-Seh1 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN2 | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Nucleoporin / nanobody | ||||||
Function / homology | Function and homology information Seh1-associated complex / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / structural constituent of nuclear pore / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / mRNA export from nucleus ...Seh1-associated complex / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / structural constituent of nuclear pore / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / mRNA export from nucleus / nuclear pore / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / protein import into nucleus / protein transport / nuclear envelope / nuclear membrane / positive regulation of DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Vicugna pacos (alpaca) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.19 Å | ||||||
Authors | Nordeen, S.A. / Schwartz, T.U. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: A nanobody suite for yeast scaffold nucleoporins provides details of the nuclear pore complex structure. Authors: Nordeen, S.A. / Andersen, K.R. / Knockenhauer, K.E. / Ingram, J.R. / Ploegh, H.L. / Schwartz, T.U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6x08.cif.gz | 401.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6x08.ent.gz | 295.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6x08.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/6x08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/6x08 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6x06C 6x07C 3eweS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39469.047 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: SEH1, YGL100W / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P53011 |
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#2: Protein | Mass: 64622.883 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: NUP85, RAT9, YJR042W, J1624 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P46673 |
#3: Antibody | Mass: 13517.038 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.68 Å3/Da / Density % sol: 73.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1M ammonium sulfate, di-sodium succinate pH 5.5, and the addition of 4% 1-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.19→117 Å / Num. obs: 17026 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 37.9 % / Biso Wilson estimate: 176.25 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 19.1 |
Reflection shell | Resolution: 4.19→4.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 1665 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.665 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3EWE Resolution: 4.19→117 Å / SU ML: 0.6691 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.806 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 207.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.19→117 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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