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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u0r | ||||||
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タイトル | Helical repeat structure of apoptosis inhibitor 5 reveals protein-protein interaction modules | ||||||
要素 | Apoptosis inhibitor 5 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS INHIBITOR / HEAT repeat (HEATリピート) / Armadillo repeat (アルマジロリピート) / lysine acetylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of fibroblast apoptotic process / fibroblast apoptotic process / fibroblast growth factor binding / localization / spliceosomal complex / nuclear speck / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Han, B.G. / Kim, K.H. / Jeong, K.C. / Cho, J.W. / Noh, K.H. / Kim, T.W. / Yoon, H.J. / Suh, S.W. / Lee, S.H. / Lee, B.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Helical repeat structure of apoptosis inhibitor 5 reveals protein-protein interaction modules. 著者: Han, B.G. / Kim, K.H. / Lee, S.J. / Jeong, K.C. / Cho, J.W. / Noh, K.H. / Kim, T.W. / Kim, S.J. / Yoon, H.J. / Suh, S.W. / Lee, S.H. / Lee, B.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3u0r.cif.gz | 99.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3u0r.ent.gz | 75.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3u0r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57121.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: API5, MIG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZZ5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS BASED ON ISOFORM 2 OF DATABASE Q9BZZ5 (API5_HUMAN). |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 10% PEG 6000, 100mM, bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.23983, 0.97974, 0.98009, 0.97954, 0.97965 | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.496→50 Å / Num. all: 19157 / Num. obs: 18250 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 43.55 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.123 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.521 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.721 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.496→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
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