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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pbp | ||||||
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タイトル | Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / nucleoporin (ヌクレオポリン) / mRNA export / mRNP remodelling / NUCLEOCYTOPLASMIC Transport / PROTEIN TRANSPORT / TRANSLOCATION / TRANSPORT / autoproteolysis / Fusion protein (融合タンパク質) / PROTOONCOGENE / ONCOPROTEIN (がん遺伝子) / Protein COMPLEX (タンパク質複合体) / Nucleus (Nucleus) / Nuclear Envelope (核膜) / Nuclear Pore Complex (核膜孔) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear pore linkers / : / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus ...nuclear pore linkers / : / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / protein export from nucleus / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / 核膜 / ATPase binding / 核膜 / molecular adaptor activity / RNA binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Debler, E.W. / Hoelz, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Structural and functional analysis of an essential nucleoporin heterotrimer on the cytoplasmic face of the nuclear pore complex. 著者: Yoshida, K. / Seo, H.S. / Debler, E.W. / Blobel, G. / Hoelz, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pbp.cif.gz | 477 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pbp.ent.gz | 405.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pbp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/3pbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/3pbp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51982.461 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (NTD), UNP residues 1-452 / 変異: C396S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NUP82, YJL061W, J1135, HRB187 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40368 #2: タンパク質 | 分子量: 16832.180 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (CTD), UNP residues 967-1113 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NUP116, NSP116, YMR047C, YM9532.12C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02630 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4167.491 Da / 分子数: 4 / 断片: Tail, UNP residues 1425-1460 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NUP159, NUP158, RAT7, YIL115C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40477 #4: 化合物 | ChemComp-PGE / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 184127 / Num. obs: 181917 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 17910 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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