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Yorodumi- PDB-3meb: Structure of cytoplasmic aspartate aminotransferase from giardia ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3meb | ||||||
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Title | Structure of cytoplasmic aspartate aminotransferase from giardia lamblia | ||||||
Components | Aspartate aminotransferaseAspartate transaminase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ASPARTATE AMINOTRANSFERASE / Aminotransferase / Pyridoxal phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / amino acid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Giardia lamblia (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Structures of aspartate aminotransferases from Trypanosoma brucei, Leishmania major and Giardia lamblia. Authors: Abendroth, J. / Choi, R. / Wall, A. / Clifton, M.C. / Lukacs, C.M. / Staker, B.L. / Van Voorhis, W. / Myler, P. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3meb.cif.gz | 194.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3meb.ent.gz | 151.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3meb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3meb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/3meb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4eu1C 4h51C 4w5kC 2cstS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 425 / Label seq-ID: 22 - 446
|
-Components
#1: Protein | Mass: 49972.312 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Giardia lamblia (eukaryote) / Strain: ATCC 50803 / Gene: GL50803_91056 / Plasmid: AVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A8B1V5, aspartate transaminase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 52 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: HR INDEX SCREEN G3: 20% PEG 3350, 200MM LI2 SULPHATE, 100MM BISTRISPROPANE, GILAA.01471.A AT 35 MG/ML, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2010 / Details: Rigaku VariMax HF |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 74816 / Num. obs: 71707 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 19.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.85 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 5548 / % possible all: 87.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 2cst modified with CCP4 program CHAINSAW Resolution: 1.9→47.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.971 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.14 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 4.66 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→47.81 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 5563 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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