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- PDB-3fwz: Crystal structure of TrkA-N domain of inner membrane protein ybaL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fwz
タイトルCrystal structure of TrkA-N domain of inner membrane protein ybaL from Escherichia coli
要素Inner membrane protein ybaL
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TrkA-N domain / ybaL / E.coli (大腸菌) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Antiport / Cell inner membrane / Cell membrane (細胞膜) / Ion transport / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / potassium ion transport / membrane => GO:0016020 / nucleotide binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
K+/H+ exchanger / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド ...K+/H+ exchanger / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / Putative cation/proton antiporter YbaL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Chang, C. / Bigelow, L. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TrkA-N domain of inner membrane protein ybaL from Escherichia coli
著者: Chang, C. / Bigelow, L. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inner membrane protein ybaL
B: Inner membrane protein ybaL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7335
ポリマ－31,0142
非ポリマー7193
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.801, 53.071, 72.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Inner membrane protein ybaL


分子量: 15507.218 Da / 分子数: 2 / 断片: domain TrkA-N, residues 414-550 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: b0478, Escherichia coli CFT073, JW0467, ybaL, ylaA
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: P39830
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 24693 / Num. obs: 24652 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 47
反射 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 11.65 / Num. unique all: 620 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.79→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.51 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20159 1259 5.1 %RANDOM
Rwork0.16787 ---
all0.16968 24633 --
obs0.16968 24633 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.469 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å20 Å20.13 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2100 0 47 201 2348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222252
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.472.0043072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1785288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35423.67398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.40515392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6121523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7021.51408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28422262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2973844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7064.5810
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.786→1.833 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 77 -
Rwork0.16 1456 -
obs-1533 81.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5409-0.8860.1092.0768-0.35261.73420.03250.15980.0547-0.3454-0.0359-0.0514-0.0894-0.04290.00340.1174-0.02760.00540.04090.00990.017824.597727.15943.8738
20.6390.5694-0.20961.72140.59522.517-0.0467-0.0541-0.0679-0.11460.1098-0.07270.07630.1306-0.06310.0383-0.00990.01770.0332-0.01390.051129.743812.951151.1536
34.11973.92291.23443.98891.42851.62430.0787-0.0213-0.15450.0222-0.0387-0.1496-0.00560.0575-0.040.04390.00090.00750.06680.00610.099242.183624.525467.0503
40.9806-0.66320.40952.5792-0.55841.5518-0.0866-0.05540.05050.22540.0243-0.2021-0.0073-0.00550.06230.02320.007-0.01870.0152-0.00820.028737.075318.174682.059
51.3895-0.6116-0.04991.36310.31520.9592-0.0254-0.00310.0399-0.06790.07-0.0112-0.07250.0159-0.04460.0094-0.00550.0040.0151-0.0080.05730.117332.200875.0408
65.72370.6315-0.76842.95841.98975.3222-0.14020.17610.0446-0.10860.2476-0.1713-0.28120.2682-0.10740.0889-0.0549-0.00460.07520.00210.091436.630326.73755.1002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A416 - 489
2X-RAY DIFFRACTION2A490 - 535
3X-RAY DIFFRACTION3A536 - 550
4X-RAY DIFFRACTION4B416 - 489
5X-RAY DIFFRACTION5B490 - 535
6X-RAY DIFFRACTION6B536 - 548

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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