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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h1a | ||||||
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タイトル | ResA C74A Variant | ||||||
要素 | Thiol-disulfide oxidoreductase resA | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ResA / C74A / Mutant (ミュータント (人類)) / Thioredoxin (チオレドキシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome complex assembly / disulfide oxidoreductase activity / antioxidant activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lewin, A. / Crow, A. / Oubrie, A. / Le Brun, N.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Molecular Basis for Specificity of the Extracytoplasmic Thioredoxin ResA. 著者: Lewin, A. / Crow, A. / Oubrie, A. / Le Brun, N.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h1a.cif.gz | 70.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h1a.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h1a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 3
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15910.064 Da / 分子数: 2 / 変異: C74A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: resA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35160 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25 - 30 % PEG 4,000, 0.1 M Sodium Citrate pH 5.4 - 5.8, 0.2M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 12619 / Num. obs: 12619 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 100 |
-位相決定
Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 7.781 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.318 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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