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- PDB-2rqu: Solution structure of the complex between the DDEF1 SH3 domain an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rqu
タイトルSolution structure of the complex between the DDEF1 SH3 domain and the APC SAMP1 motif
要素
  • 19-mer from Adenomatous polyposis coli protein
  • DDEF1_SH3
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain (SH3ドメイン) / GAP / SAMP motif / Tumor suppressor (がん抑制遺伝子) / Cell junction (細胞結合) / Disease mutation / Phosphoprotein / Wnt signaling pathway (Wntシグナル経路)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane tubulation / APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / regulation of microtubule-based movement / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of dendritic spine development / gamma-catenin binding / VxPx cargo-targeting to cilium / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of protein localization to centrosome ...positive regulation of membrane tubulation / APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / regulation of microtubule-based movement / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of dendritic spine development / gamma-catenin binding / VxPx cargo-targeting to cilium / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of protein localization to centrosome / pattern specification process / bicellular tight junction assembly / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of microtubule depolymerization / protein localization to cilium / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / beta-catenin destruction complex / microtubule plus-end binding / heart valve development / regulation of microtubule-based process / protein kinase regulator activity / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / catenin complex / podosome / Wnt signalosome / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / cell fate specification / regulation of postsynapse organization / endocardial cushion morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / dynein complex binding / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / phosphatidylserine binding / Apoptotic cleavage of cellular proteins / regulation of cell differentiation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / mitotic cytokinesis / cilium assembly / lateral plasma membrane / bicellular tight junction / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / GTPase activator activity / trans-Golgi network membrane / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / 接着結合 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / 動原体 / beta-catenin binding / Wntシグナル経路 / ruffle membrane / positive regulation of protein catabolic process / Ovarian tumor domain proteases / 遊走 / insulin receptor signaling pathway / lamellipodium / nervous system development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / 微小管 / 樹状突起スパイン / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / ゴルジ体 / 中心体 / glutamatergic synapse / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ASAP1, BAR domain / ASAP1, SH3 domain / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / BAR domain of APPL family / Adenomatous polyposis coli tumour suppressor protein / Armadillo-associated region on APC / Unstructured region on APC between 1st and 2nd catenin-bdg motifs / Unstructured region on APC between 1st two creatine-rich regions / Unstructured region on APC between APC_crr and SAMP ...ASAP1, BAR domain / ASAP1, SH3 domain / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / BAR domain of APPL family / Adenomatous polyposis coli tumour suppressor protein / Armadillo-associated region on APC / Unstructured region on APC between 1st and 2nd catenin-bdg motifs / Unstructured region on APC between 1st two creatine-rich regions / Unstructured region on APC between APC_crr and SAMP / Unstructured region on APC between SAMP and APC_crr / Unstructured region on APC between APC_crr regions 5 and 6 / Adenomatous polyposis coli protein repeat / SAMP / EB-1 binding / Adenomatous polyposis coli protein basic domain / Adenomatous polyposis coli protein, 15 residue repeat / Adenomatous polyposis coli (APC) family / 家族性大腸腺腫症 / Adenomatous polyposis coli, N-terminal dimerisation domain / APC, N-terminal coiled-coil domain superfamily / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / APC repeat / SAMP Motif / EB-1 Binding Domain / APC basic domain / APC 15 residue motif / Coiled-coil N-terminus of APC, dimerisation domain / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / BAR domain / ARFGAP/RecO-like zinc finger / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / SH3 Domains / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Armadillo-like helical / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
家族性大腸腺腫症 / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kaieda, S. / Matsui, C. / Mimori-Kiyosue, Y. / Ikegami, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural basis of the recognition of the SAMP motif of adenomatous polyposis coli by the Src-homology 3 domain.
著者: Kaieda, S. / Matsui, C. / Mimori-Kiyosue, Y. / Ikegami, T.
履歴
登録2009年12月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DDEF1_SH3
B: 19-mer from Adenomatous polyposis coli protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1172
ポリマ－9,1172
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DDEF1_SH3 / DDEF1_SH3 / 130 kDa phosphatidylinositol 4 / 5-biphosphate-dependent ARF1 GTPase-activating protein ...DDEF1_SH3 / 130 kDa phosphatidylinositol 4 / 5-biphosphate-dependent ARF1 GTPase-activating protein / PIP2-dependent ARF1 GAP / ADP-ribosylation factor-directed GTPase-activating protein 1 / ARF GTPase-activating protein 1 / Development and differentiation-enhancing factor 1 / Differentiation-enhancing factor 1 / DEF-1


分子量: 7066.801 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1069-1129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULH1
#2: タンパク質・ペプチド 19-mer from Adenomatous polyposis coli protein / Protein APC / Deleted in polyposis 2.5


分子量: 2050.511 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1578-1596 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APC, DP2.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25054

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCA
1323D HN(CA)CB
1423D CBCA(CO)NH
1523D HNCO
1623D HBHA(CO)NH
1733D MQ-(H)CCH-TOCSY
1833D (H)CCH-TOCSY
1913D 15N-edited NOESY
11033D aliphatic 13C-edited NOESY
11133D aromatic 13C-edited NOESY
11242D 1H-13C HSQC
11342D 1H-13C CT-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-15N] DDEF1 SH3-1, 0.5 mM [U-15N] APC SAMP1-2, 5 mM sodium phosphate-3, 5 mM [U-2H] DTT-4, 0.02 % sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] DDEF1 SH3-6, 0.5 mM [U-13C; U-15N] APC SAMP1-7, 5 mM sodium phosphate-8, 5 mM [U-2H] DTT-9, 0.02 % sodium azide-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-13C; U-15N] DDEF1 SH3-11, 0.5 mM [U-13C; U-15N] APC SAMP1-12, 5 mM sodium phosphate-13, 5 mM [U-2H] DTT-14, 0.02 % sodium phosphate-15, 100% D2O100% D2O
40.5 mM [U-15% 13C; U-15N] DDEF1 SH3-16, 0.5 mM [U-15% 13C; U-15N] APC SAMP1-17, 5 mM sodium phosphate-18, 5 mM [U-2H] DTT-19, 0.02 % sodium azide-20, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMDDEF1 SH3-1[U-15N]1
0.5 mMAPC SAMP1-2[U-15N]1
5 mMsodium phosphate-31
5 mMDTT-4[U-2H]1
0.02 %sodium azide-51
0.5 mMDDEF1 SH3-6[U-13C; U-15N]2
0.5 mMAPC SAMP1-7[U-13C; U-15N]2
5 mMsodium phosphate-82
5 mMDTT-9[U-2H]2
0.02 %sodium azide-102
0.5 mMDDEF1 SH3-11[U-13C; U-15N]3
0.5 mMAPC SAMP1-12[U-13C; U-15N]3
5 mMsodium phosphate-133
5 mMDTT-14[U-2H]3
0.02 %sodium phosphate-153
0.5 mMDDEF1 SH3-16[U-15% 13C; U-15N]4
0.5 mMAPC SAMP1-17[U-15% 13C; U-15N]4
5 mMsodium phosphate-184
5 mMDTT-19[U-2H]4
0.02 %sodium azide-204
試料状態pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.115Goddard and Knellerデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ARIA2.2Rieping, Habeck, Bardiaux, Bernard, Malliavin, and Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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