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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j8h | ||||||
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タイトル | Structure of the immunoglobulin tandem repeat A168-A169 of titin | ||||||
要素 | TITINチチン | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CARDIOMYOPATHY (心筋症) / NUCLEAR PROTEIN / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / LIMB-GIRDLE MUSCULAR DYSTROPHY / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / DISEASE MUTATION / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / TITIN (チチン) / A-BAND / KINASE (キナーゼ) / WD REPEAT (WD40リピート) / TPR REPEAT / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN (免疫グロブリンフォールド) / IMMUNOGLOBULIN LIKE DOMAIN / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP-BINDING / KELCH REPEAT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / protein kinase A signaling / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Mueller, S. / Lange, S. / Kursula, I. / Gautel, M. / Wilmanns, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Rigid Conformation of an Immunoglobulin Domain Tandem Repeat in the A-Band of the Elastic Muscle Protein Titin 著者: Mueller, S. / Lange, S. / Gautel, M. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j8h.cif.gz | 55.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2j8h.ent.gz | 40.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j8h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j8h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21765.820 Da / 分子数: 1 / 断片: IG LIKE DOMAIN, RESIDUES 24430-24623 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE骨格筋 / 器官: HEART心臓 / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | CARDIAC TITIN IS THE ISOFORM 3 OF TITIN: UNP ENTRY Q8WZ42-3 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULFATE, BICINE, pH 9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.803 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.803 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→25 Å / Num. obs: 21381 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.99→67.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.331 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→67.42 Å
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拘束条件 |
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