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- PDB-1ya5: Crystal structure of the titin domains z1z2 in complex with telethonin -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ya5 | ||||||
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Title | Crystal structure of the titin domains z1z2 in complex with telethonin | ||||||
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Function / homology | ![]() cardiac muscle cell development => GO:0055013 / FATZ binding / titin Z domain binding / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / BMP binding / otic vesicle formation / sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pinotsis, N. / Popov, A. / Zou, P. / Wilmanns, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Palindromic assembly of the giant muscle protein titin in the sarcomeric Z-disk Authors: Zou, P. / Pinotsis, N. / Lange, S. / Song, Y.H. / Popov, A. / Mavridis, I. / Mayans, O.M. / Gautel, M. / Wilmanns, M. #1: ![]() Title: Crystal structure of the titin domains z1z2 in complex with telethonin Authors: Pinotsis, N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 107.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 84.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21582.982 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: domains Z1Z2, RESIDUES 1-196 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | | ![]() Mass: 10619.717 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 1-90 / Mutation: yes Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.23 Å3/Da / Density % sol: 61.6 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.45 Details: pH 4.45, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Dec 6, 2001 |
Radiation | Monochromator: GE SINGLE CRYSTAL / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.445→14.92 Å / Num. obs: 25248 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.445→2.49 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 86.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.547 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.445→14.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.445→2.507 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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