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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iuw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human ABH3 in complex with iron ion and 2- oxoglutarate | ||||||
要素 | ALKYLATED REPAIR PROTEIN ALKB HOMOLOG 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DNA/RNA REPAIR / DEMETHYLASE / BETA JELLYROLL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA N1-methyladenine demethylase / mRNA N1-methyladenosine dioxygenase activity / ALKBH3 mediated reversal of alkylation damage / : / DNA oxidative demethylase / : / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / DNA alkylation repair ...mRNA N1-methyladenine demethylase / mRNA N1-methyladenosine dioxygenase activity / ALKBH3 mediated reversal of alkylation damage / : / DNA oxidative demethylase / : / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / DNA alkylation repair / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / cell population proliferation / DNA修復 / ミトコンドリア / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Sundheim, O. / Vagbo, C.B. / Bjoras, M. / deSousa, M.M.L. / Talstad, V. / Aas, P.A. / Drablos, F. / Krokan, H.E. / Tainer, J.A. / Slupphaug, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Human Abh3 Structure and Key Residues for Oxidative Demethylation to Reverse DNA/RNA Damage. 著者: Sundheim, O. / Vagbo, C.B. / Bjoras, M. / Desousa, M.M.L. / Talstad, V. / Aas, P.A. / Drablos, F. / Krokan, H.E. / Tainer, J.A. / Slupphaug, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iuw.cif.gz | 109.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iuw.ent.gz | 87 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iuw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/2iuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/2iuw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27751.176 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 70-286 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 2-MERCAPTOETHANOLS COVALENTLY LINKED TO C91, C110, AND C201 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: Q96Q83, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q96Q83, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-AKG / | #4: 化合物 | ChemComp-BME / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.1 M (NH4)2SO4, 4-9 % PEG 8000/10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月12日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 46030 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 43.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→45 Å / Num. parameters: 17664 / Num. restraintsaints: 21434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1960.69 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→45 Å
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拘束条件 |
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