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Yorodumi- PDB-6fi8: Crystal structure of the IS608 transposase in complex with left e... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fi8 | ||||||
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Title | Crystal structure of the IS608 transposase in complex with left end 29-mer DNA hairpin and a 6-mer DNA representing the intact target site: pre-cleavage target capture complex | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / HUH MOTIF / DNA STEM LOOP / Transposition / TnpA transposase / target capture complex / ISHp608 | ||||||
Function / homology | Function and homology information transposase activity / DNA transposition / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.598 Å | ||||||
Authors | Morero, N.R. / Barabas, O. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2018 Title: Targeting IS608 transposon integration to highly specific sequences by structure-based transposon engineering. Authors: Morero, N.R. / Zuliani, C. / Kumar, B. / Bebel, A. / Okamoto, S. / Guynet, C. / Hickman, A.B. / Chandler, M. / Dyda, F. / Barabas, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fi8.cif.gz | 376 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fi8.ent.gz | 299.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fi8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/6fi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/6fi8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2vjvS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18392.430 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (bacteria) Gene: BB387_02765, BB390_06935, BB392_05440, BB394_07800, BB413_07925, BB437_07715, BB438_04880, BB447_07970, BB453_04885, BB461_01775, BB469_00740, BFR58_04045, BFR58_04080, BFR58_04135, BFR58_ ...Gene: BB387_02765, BB390_06935, BB392_05440, BB394_07800, BB413_07925, BB437_07715, BB438_04880, BB447_07970, BB453_04885, BB461_01775, BB469_00740, BFR58_04045, BFR58_04080, BFR58_04135, BFR58_07690, BFR58_08055, BGL67_05025, BGL76_01750, BGL76_01790, BGL76_01830, BGL76_03945, BGL76_04370, BGL76_05875, BGL76_06710, BGL85_00790 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q933Z0 #2: DNA chain | Mass: 8933.771 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Helicobacter pylori (bacteria) #3: DNA chain | Mass: 1768.205 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Helicobacter pylori (bacteria) #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 14.6% PEG 3350, 0.19 M calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 29, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.598→89.84 Å / Num. obs: 35947 / % possible obs: 99.72 % / Redundancy: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 38.49 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.09723 / Rrim(I) all: 0.3091 / Net I/σ(I): 6.03 |
Reflection shell | Resolution: 2.598→2.691 Å / Redundancy: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3525 / CC1/2: 0.738 / Rpim(I) all: 0.4295 / % possible all: 99.58 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2VJV Resolution: 2.598→89.837 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.63
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.598→89.837 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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