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万見
- PDB-2ht3: Structure of the Escherichia coli ClC chloride channel Y445L muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ht3
タイトルStructure of the Escherichia coli ClC chloride channel Y445L mutant and Fab complex
要素
  • Fab fragment, Heavy chainFragment antigen-binding
  • Fab fragment, Light chainFragment antigen-binding
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ClC family of channel and transporters / H+/Cl- antiporter / Fab complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response ...chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / クロライドチャネル / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / クロライドチャネル / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
臭化物 / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / Ighg protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Accardi, A. / Lobet, S. / Williams, C. / Miller, C. / Dutzler, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Synergism between halide binding and proton transport in a CLC-type exchanger
著者: Accardi, A. / Lobet, S. / Williams, C. / Miller, C. / Dutzler, R.
履歴
登録2006年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN EACH SUBUNIT OF THE MUTANT HAS A SINGLE BR- ION BOUND IN THE SELECTIVITY FILTER

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
C: Fab fragment, Heavy chain
D: Fab fragment, Light chain
E: Fab fragment, Heavy chain
F: Fab fragment, Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,56510
ポリマ－194,2456
非ポリマー3204
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)221.630, 124.854, 150.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ARG / End label comp-ID: ALA / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 18 - 458 / Label seq-ID: 18 - 458

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA / 1ECCLC H+/CL- ANTIPORTER / ClC-ec1


分子量: 50340.387 Da / 分子数: 2 / 変異: Y445L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: clcA, eriC / プラスミド: pet 28b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 Fab fragment, Heavy chain / Fragment antigen-binding


分子量: 23693.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA CELL LINE / 参照: UniProt: Q4VBH1*PLUS
#3: 抗体 Fab fragment, Light chain / Fragment antigen-binding


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA CELL LINE
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 38% peg 200/300 1:2, 50 mM HEPES, 150mN NaKTart, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9193 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9193 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→40 Å / Num. all: 46245 / Num. obs: 45644 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 83.066 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.464 / ESU R Free: 0.489 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26933 2429 5.1 %RANDOM
Rwork0.25293 ---
all0.25375 46245 --
obs0.25375 45644 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.145 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.55 Å20 Å2-4.85 Å2
2--8.08 Å20 Å2
3----9.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13215 0 4 0 13219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02213541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7931.96218438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.58151743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83122.998477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.953152147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6261567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.22123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2880.27389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.29152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3410.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it14.9191.58655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it20.391213908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.49934886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6644.54530
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1764medium positional0.060.5
1536loose positional0.475
1764medium thermal11.912
1536loose thermal13.3310
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 171 -
Rwork0.352 3305 -
obs--97.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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