PDB-2gjz: Structure of Catalytic Elimination Antibody 13G5 from a crystal i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gjz

タイトル

Structure of Catalytic Elimination Antibody 13G5 from a crystal in space group P2(1)

要素

Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain
Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

immunoglobulin (抗体) /

catalytic antibody (抗体酵素) / elimination

機能・相同性

機能・相同性情報

免疫応答 /

extracellular space /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Debler, E.W. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Bifunctional Catalysis of Proton Transfer at an Antibody Active Site.
著者: Muller, R. / Debler, E.W. / Steinmann, M. / Seebeck, F.P. / Wilson, I.A. / Hilvert, D.

履歴

登録	2006年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gjz.cif.gz	176.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gjz.ent.gz	139.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gjz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gk0C 1hinS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1t04-1 5hdb-4 5u4r-1 4hzl-1 5jop-1 6qnk-2 3rvu-d 6i1o-d 6qnk-1 5gux-1 3ra7-1 1gaf-d 3qct-d 3i9g-d 2fx8-1 1bog-d 4xcn-2 5xhf-2 6h0e-4 6obd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

ヘテロ分子

B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

ヘテロ分子

H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

ヘテロ分子

H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

ヘテロ分子

L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

L: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

ヘテロ分子

B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

H: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

A: Catalytic elimination antibody 13G5 light chain

ヘテロ分子

B: Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.209, 73.495, 130.475
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	GLN	GLN	L	A	2 - 27	2 - 27
2	1	LEU	LEU	GLN	GLN	A	C	2 - 27	2 - 27
1	2	GLY	GLY	ILE	ILE	L	A	29 - 48	34 - 53
2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	A	C	29 - 48	34 - 53
1	3	GLY	GLY	GLU	GLU	L	A	101 - 105	106 - 110
2	3	GLY	GLY	GLU	GLU	A	C	101 - 105	106 - 110
1	4	ARG	ARG	ASN	ASN	L	A	108 - 212	113 - 217
2	4	ARG	ARG	ASN	ASN	A	C	108 - 212	113 - 217
1	5	GLN	GLN	TRP	TRP	H	B	1 - 96	1 - 99
2	5	GLN	GLN	TRP	TRP	B	D	1 - 96	1 - 99
1	6	TYR	TYR	VAL	VAL	H	B	100 - 111	103 - 119
2	6	TYR	TYR	VAL	VAL	B	D	100 - 111	103 - 119
1	7	ALA	ALA	PRO	PRO	H	B	114 - 126	122 - 134
2	7	ALA	ALA	PRO	PRO	B	D	114 - 126	122 - 134
1	8	SER	SER	PRO	PRO	H	B	137 - 227	143 - 220
2	8	SER	SER	PRO	PRO	B	D	137 - 227	143 - 220
1	9	LYS	LYS	GLN	GLN	L	A	50 - 90	55 - 95
2	9	LYS	LYS	GLN	GLN	A	C	50 - 90	55 - 95

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

詳細

This entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 2 biological molecules: LH, and AB

#1: 抗体	Catalytic elimination antibody 13G5 light chain 分子量: 23939.566 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q65ZC0*PLUS
#2: 抗体	Catalytic elimination antibody 13G5 heavy chain 分子量: 23481.295 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, 0.1M MES, 0.2M Zn(OAc)2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.95369 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→40 Å / Num. all: 28609 / Num. obs: 27894 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.65→2.71 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.76 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HIN

1hin

解像度: 2.65→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 30.53 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2496	1238	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21312	-	-	-
obs	0.21494	24442	92.95 %	-
all	-	26296	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 94.943 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.54 Å²	0 Å²	2.14 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6668	0	11	27	6706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6848
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	1.952	9346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.163	5	872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.942	24.419	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.431	15	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.535	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	4583
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.215	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.26	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.298	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.145	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.489	1.5	4438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.878	2	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.22	3	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.871	4.5	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	L	187	tight positional	0.05	0.05
2	L	166	tight positional	0.16	0.05
3	L	37	tight positional	0.06	0.05
4	L	823	tight positional	0.09	0.05
5	H	759	tight positional	0.09	0.05
6	H	108	tight positional	0.04	0.05
7	H	94	tight positional	0.05	0.05
8	H	584	tight positional	0.09	0.05
9	L	320	tight positional	0.04	0.05
1	L	187	tight thermal	0.1	0.5
2	L	166	tight thermal	0.13	0.5
3	L	37	tight thermal	0.12	0.5
4	L	823	tight thermal	0.17	0.5
5	H	759	tight thermal	0.07	0.5
6	H	108	tight thermal	0.08	0.5
7	H	94	tight thermal	0.11	0.5
8	H	584	tight thermal	0.13	0.5
9	L	320	tight thermal	0.09	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	62	-
R_work	0.365	1452	-
obs	-	-	75.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.1848	-4.6655	0.8968	8.1436	0.2949	7.2235	0.5756	-0.2566	0.3314	-1.32	-0.1221	-0.3225	-0.5764	-0.3164	-0.4535	-0.4517	-0.0807	0.0742	-0.5937	0.0437	-0.5401	20.4202	46.485	19.7912
2	5.3163	0.2227	3.9119	3.3987	1.7643	19.7509	-0.0505	0.385	0.2175	0.7746	-0.0132	0.2826	-1.0674	0.1094	0.0638	-0.3185	0.0261	0.0539	-0.6954	0.0275	-0.5875	14.2539	52.6811	56.0626
3	10.0603	-3.2028	2.2138	7.2922	2.1038	13.5986	0.1926	-0.6144	-0.1714	-0.5123	0.4436	-1.0608	1.0013	1.8016	-0.6362	-0.5558	0.0418	0.1297	-0.2393	-0.0474	-0.2042	36.0533	33.4018	27.323
4	10.5384	-2.375	-1.1353	7.5979	2.5016	14.046	-0.1809	0.2535	-0.3433	1.3974	-0.033	0.5361	2.0068	-0.0969	0.2139	0.0924	0.0234	0.0711	-0.7228	0.0379	-0.6817	16.0821	37.0133	56.3141
5	10.2443	0.4155	-2.473	5.8515	-1.2833	8.4712	0.2477	-1.2803	0.4321	0.9883	-0.1347	-0.0404	-0.5378	0.6251	-0.113	-0.4539	-0.0076	-0.0776	-0.0687	-0.1527	-0.6742	-0.1512	9.0388	44.3991
6	7.0882	-1.0397	4.6677	3.8616	-0.4677	13.7567	0.0039	-0.603	0.2438	-0.3123	0.1243	-0.1787	-0.4861	0.1055	-0.1282	-0.8062	-0.0918	0.0166	-0.7825	-0.0544	-0.6382	4.1315	9.3833	8.2757
7	8.0535	1.9907	2.0989	4.1982	1.5401	10.6417	0.0835	-1.1249	-0.4176	0.8155	-0.2831	0.4507	1.1235	-0.852	0.1996	-0.4353	-0.0225	0.1853	-0.2265	0.1043	-0.3803	-16.8589	-4.127	39.9798
8	10.1833	2.7933	-1.8937	5.9993	0.5952	5.8501	-0.2737	0.0743	-0.4115	-0.4763	0.2391	-0.4245	0.4733	0.4128	0.0345	-0.6006	-0.0338	0.0222	-0.8005	0.0012	-0.6553	3.3173	-6.5335	8.3959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	A	1 - 107	1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	A	108 - 212	113 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	B	1 - 113	1 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	B	114 - 228	122 - 221
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	C	1 - 107	1 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	C	108 - 212	113 - 217
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	D	1 - 113	1 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	D	114 - 228	122 - 221

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)