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- PDB-2b2x: VLA1 RdeltaH I-domain complexed with a quadruple mutant of the AQ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b2x
タイトルVLA1 RdeltaH I-domain complexed with a quadruple mutant of the AQC2 Fab
要素
  • (Antibody AQC2 Fab) x 2
  • Integrin alpha-1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / computational design / antibody-antigen complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Integrin cell surface interactions / Smooth Muscle Contraction / cellular extravasation / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / basal part of cell / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity ...Integrin cell surface interactions / Smooth Muscle Contraction / cellular extravasation / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / basal part of cell / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / collagen binding / cell chemotaxis / 好中球 / cell-matrix adhesion / neuron projection morphogenesis / acrosomal vesicle / integrin-mediated signaling pathway / 細胞接着 / vasodilation / positive regulation of neuron apoptotic process / integrin binding / perikaryon / protein phosphatase binding / positive regulation of MAPK cascade / 細胞接着 / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / 細胞膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site ...: / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Clark, L.A. / Boriack-Sjodin, P.A. / Eldredge, J. / Fitch, C. / Friedman, B. / Hanf, K.J. / Jarpe, M. / Liparoto, S.F. / Li, Y. / Lugovskoy, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Affinity enhancement of an in vivo matured therapeutic antibody using structure-based computational design
著者: Clark, L.A. / Boriack-Sjodin, P.A. / Eldredge, J. / Fitch, C. / Friedman, B. / Hanf, K.J. / Jarpe, M. / Liparoto, S.F. / Li, Y. / Lugovskoy, A. / Miller, S. / Rushe, M. / Sherman, W. / Simon, K. / Van Vlijmen, H.
履歴
登録2005年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE No suitable sequence database references were available for proteins in chains L, H, I and ...SEQUENCE No suitable sequence database references were available for proteins in chains L, H, I and M at the time of processing this entry.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-1
H: Antibody AQC2 Fab
L: Antibody AQC2 Fab
B: Integrin alpha-1
I: Antibody AQC2 Fab
M: Antibody AQC2 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6438
ポリマ－145,5946
非ポリマー492
水4,071226
1
A: Integrin alpha-1
H: Antibody AQC2 Fab
L: Antibody AQC2 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8224
ポリマ－72,7973
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area26100 Å2
手法PISA
2
B: Integrin alpha-1
I: Antibody AQC2 Fab
M: Antibody AQC2 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8224
ポリマ－72,7973
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.12, 43.68, 153.88
Angle α, β, γ (deg.)90, 104.1, 90
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-296-

HOH

詳細2 antibody-antigen complexes are in asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-1 / / Laminin and collagen receptor / VLA-1 / CD49a


分子量: 24986.225 Da / 分子数: 2 / 断片: I domain R delta H / 変異: G217V, R218Q, Q219R, L222R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Itga1 / Plasmid details: based on pGEX4t-i / プラスミド: pGRTI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P18614
#2: 抗体 Antibody AQC2 Fab


分子量: 24222.035 Da / 分子数: 2 / 断片: AQC2 Fab Heavy Chain / 変異: T50V, K64E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: YL037 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
#3: 抗体 Antibody AQC2 Fab


分子量: 23588.947 Da / 分子数: 2 / 断片: AQC2 Fab Light Chain / 変異: S28Q, N52Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: YL037 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Peg 20K, Mes, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 66690 / Num. obs: 66690 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.499
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Num. measured obs: 6246 / Χ2: 1.682

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
CNX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MHP

1mhp


解像度: 2.2→35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 3380 4.8 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.241 66690 --
obs0.241 66545 94.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.159 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.089 Å20 Å24.979 Å2
2--8.994 Å20 Å2
3----5.905 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9309 0 2 226 9537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.327
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.006
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.753
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.21 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.326 52
Rwork0.3069 -
obs-1164
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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