+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mj8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | High Resolution Crystal Structure Of The Fab Fragment of The Esterolytic Antibody MS6-126 | ||||||
要素 | (IMMUNOGLOBULIN MS6-126) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / CATALYTIC ANTIBODY (抗体酵素) / ESTER HYDROLYSIS (エステル) / ESTEROLYTIC / FAB / IMMUNOGLOBULIN (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / リン酸塩 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Ruzheinikov, S.N. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Partridge, L.J. / Blackburn, G.M. / Murray, I.A. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. ...Ruzheinikov, S.N. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Partridge, L.J. / Blackburn, G.M. / Murray, I.A. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. / Nishi, Y. / Rice, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: High-resolution crystal structure of the Fab-fragments of a family of mouse catalytic antibodies with esterase activity 著者: Ruzheinikov, S.N. / Muranova, T.A. / Sedelnikova, S.E. / Partridge, L.J. / Blackburn, G.M. / Murray, I.A. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. / Nishi, Y. / Rice, D.W. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: The preparation and crystallization of Fab fragments of a family of mouse esterolytic catalytic antibodies and their complexes with a transition-state analogue 著者: Muranova, T.A. / Ruzheinikov, S.N. / Sedelnikova, S.E. / Moir, A. / Partridge, L.J. / Kakinuma, H. / Takashi, N. / Shimazaki, K. / Sun, J. / Nishi, Y. / Rice, D.W. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 999 | sequence an appropriate sequence database reference was not available at the time of processing. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mj8.cif.gz | 111.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1mj8.ent.gz | 88.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mj8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/1mj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/1mj8 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24205.926 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab Fragment, LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: fusing of mouse splenocytes with myeloma cell / 細胞株: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 24685.738 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab Fragment, HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: fusing of mouse splenocytes with myeloma cell / 細胞株: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Ammonium phosphate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→10 Å / Num. all: 39166 / Num. obs: 39166 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 31 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 58.4 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 58.4 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1mh5 解像度: 1.75→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.8 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |