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Yorodumi- PDB-5f89: Structure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralising Antibody ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f89 | ||||||
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Title | Structure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralising Antibody CAP248-2B that Binds to the gp120 C-terminus - gp41 Interface | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HIV / neutralizing antibody / gp120 C-terminus / CAP248 / gp120-gp41 interface | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.7842 Å | ||||||
Authors | Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: PLoS Pathog. / Year: 2017 Title: Structure and Recognition of a Novel HIV-1 gp120-gp41 Interface Antibody that Caused MPER Exposure through Viral Escape. Authors: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Ozorowski, G. / Bhiman, J.N. / Sheward, D.J. / Elliott, D.H. / Rouelle, J. / Smira, A. / Joyce, M.G. / Ndabambi, N. / Druz, A. / Asokan, M. / Burton, D.R. / ...Authors: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Ozorowski, G. / Bhiman, J.N. / Sheward, D.J. / Elliott, D.H. / Rouelle, J. / Smira, A. / Joyce, M.G. / Ndabambi, N. / Druz, A. / Asokan, M. / Burton, D.R. / Connors, M. / Abdool Karim, S.S. / Mascola, J.R. / Robinson, J.E. / Ward, A.B. / Williamson, C. / Kwong, P.D. / Morris, L. / Moore, P.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5f89.cif.gz | 477.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5f89.ent.gz | 417.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5f89.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/5f89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/5f89 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24446.277 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line: B-cell / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23820.398 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line: B-Cell / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 7.5% PEG4000 12.5% Isopropanol 0.1M Sodium Citrate pH5.6 Cryoprotectant: 30% Ethylene Glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.78→50 Å / Num. obs: 20522 / % possible obs: 88.9 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 50.767 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 1.037 / Net I/av σ(I): 6.753 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 38175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7842→41.822 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 33.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7842→41.822 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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