10. 色表現
10.1. RGB値(RGB value)
赤、緑、青(RGB)それぞれの値をコンマで区切って、角かっこの中に入れて表記して色を指定できます。RGB値はそれぞれ0から255までの範囲内で指定します。
10.2. 定義済み色名(Predefined color)
下記の24色は、色名で指定することができます。
色名 | RGB値 | 色 |
---|---|---|
BLACK(黒) | [0, 0, 0] | |
BLUE(青) | [0, 0, 255] | |
BLUETINT(薄青) | [175, 214, 255] | |
BROWN(茶色) | [175, 117, 89] | |
CYAN(シアン) | [0, 255, 255] | |
GOLD(金色) | [255, 156, 0] | |
GREY(灰色)※ | [125, 125, 125] | |
GREEN(緑) | [0, 255, 0] | |
GREENBLUE(青緑) | [46, 139, 87] | |
GREENTINT(薄緑) | [152, 255, 179] | |
HOTPINK(ホットピンク) | [255, 0, 101] | |
MAGENTA(マゼンタ) | [255, 0, 255] | |
ORANGE(オレンジ) | [255, 165, 0] | |
PINK(ピンク) | [255, 101, 117] | |
PINKTINT(薄ピンク) | [255, 171, 187] | |
PURPLE(紫) | [160, 32, 240] | |
RED(赤) | [255, 0, 0] | |
REDORANGE(橙色) | [255, 69, 0] | |
SEAGREEN(シーグリーン) | [0, 250, 109] | |
SKYBLUE(スカイブルー) | [58, 144, 255] | |
VIOLET(薄赤紫) | [238, 130, 238] | |
WHITE(白) | [255, 255, 255] | |
YELLOW(黄色) | [255, 255, 0] | |
YELLOWTINT(薄黄色) | [246, 246, 117] |
灰色を指定する色名はhtmlやcssの場合(gray)と綴りが異なるので注意(jVの場合、"gray"と指定すればエラーになります)。
10.3. 配色(color scheme)
10.3.1. アミノ酸
アミノ酸の配色'amino'は以下の通りです。
アミノ酸 | RGB値 | 色 |
---|---|---|
ASP, GLU | [230,230, 10] | |
CYS, MET | [230,230, 0] | |
LYS, ARG | [20, 90,255] | |
SER, THR | [250,150, 0] | |
PHE, TYR | [50, 50,170] | |
ASN, GLN | [0,220,220] | |
GLY | [235,235,235] | |
LEU, VAL, ILE | [15,130, 15] | |
ALA | [200,200,200] | |
TRP | [180, 90,180] | |
HIS | [130,130,210] | |
PRO | [220,150,130] | |
その他 | [190,160,110] |
10.3.2. 鎖
'chain'配色は、各高分子鎖に個別の色を指定します。
10.3.3. 電荷
'charge'配色は各原子の温度因子に従って色分けします。 高温の原子は青く、低温の原子は赤く表現します。
10.3.4. cpk
'cpk'配色では以下に示す要素型に従って原子を色分けします。
要素 | RGB値 | 色 |
---|---|---|
C | [200, 200, 200] | |
N | [143, 143, 255] | |
O | [240, 0, 0] | |
S | [255, 200, 50] | |
H | [255, 255, 255] | |
He | [255, 192, 203] | |
F, Si, Au | [218, 165, 32] | |
Na | [0, 0, 255] | |
P, Fe, Ba | [255, 165, 0] | |
Al, Ca, Ti, Cr, Mn, Ag | [128, 128, 144] | |
Ni, Cu, Zn, Br | [165, 42, 42] | |
I | [160, 32, 240] | |
B, Cl | [0, 255, 0] | |
Li | [178, 34, 34] | |
Mg | [34, 139, 34] | |
その他 | [255, 20, 147] |
10.3.5 グループ(group)
'group'配色は、高分子鎖中の位置によって残基を色分けします。 タンパク質のN末端、核酸の5'末端を青に、タンパク質のC末端、核酸の3'末端を赤とし、間は段階的に色が変化するように塗り分けられます。
10.3.6 均整配色(shapely)
'shapely'配色では、各残基が下記の通り塗り分けられます。
残基 | RGB値 | 色 |
---|---|---|
ALA | [140, 255, 140] | |
GLY | [255, 255, 255] | |
LEU | [69, 94, 69] | |
SER | [255, 112, 66] | |
VAL | [255, 140, 255] | |
THR | [184, 76, 0] | |
LYS | [71, 71, 184] | |
ASP | [160, 0, 66] | |
ILE | [0, 76, 0] | |
ASN | [255, 124, 112] | |
GLU | [102, 0, 0] | |
PRO | [82, 82, 82] | |
ARG | [0, 0, 124] | |
PHE | [83, 76, 66] | |
GLN | [255, 76, 76] | |
TYR | [140, 112, 76] | |
HIS | [112, 112, 255] | |
CYS | [255, 255, 112] | |
MET | [184, 160, 66] | |
TRP | [79, 70, 0] | |
A | [160, 160, 255] | |
C | [255, 140, 75] | |
G | [255, 112, 112] | |
T | [160, 255, 160] | |
その他 | [255, 0, 255] |
10.3.7 構造(structure)
'structure'配色では、二次構造に従って下記の通り残基が塗り分けられます。
二次構造 | RGB値 | 色 |
---|---|---|
αらせん | [255, 0, 128] | |
βシート | [255, 200, 0] | |
折り返し | [96, 128, 255] | |
なし | [255, 255, 255] |
10.3.8. 温度
'temperature'配色では、各原子の温度因子に従って色分けします。 高温の原子は赤く、低温の原子は青く表現します。
10.3.9. 型(type)
'type'配色では、水素結合の色を、水素供与体と受容体との距離に従って色分けします。
オフセット | RGB値 | 色 |
---|---|---|
+2 | [255, 255, 255] | |
+3 | [255, 0, 255] | |
+4 | [255, 0, 0] | |
+5 | [255, 165, 0] | |
-3 | [0, 255, 255] | |
-4 | [0, 255, 0] | |
その他 | [255, 255, 0] |
10.3.10. 背景色
backgroundコマンドにより背景色を指定できます。既定の背景色は黒(black、[0,0,0])です。