10. 色表現
10.1. RGB値（RGB value）
赤、緑、青（RGB）それぞれの値をコンマで区切って、角かっこの中に入れて表記して色を指定できます。RGB値はそれぞれ0から255までの範囲内で指定します。
10.2. 定義済み色名（Predefined color）
下記の24色は、色名で指定することができます。
| 色名 | RGB値 | 色 |
|---|---|---|
| BLACK（黒） | [0, 0, 0] | |
| BLUE（青） | [0, 0, 255] | |
| BLUETINT（薄青） | [175, 214, 255] | |
| BROWN（茶色） | [175, 117, 89] | |
| CYAN（シアン） | [0, 255, 255] | |
| GOLD（金色） | [255, 156, 0] | |
| GREY（灰色）※ | [125, 125, 125] | |
| GREEN（緑） | [0, 255, 0] | |
| GREENBLUE（青緑） | [46, 139, 87] | |
| GREENTINT（薄緑） | [152, 255, 179] | |
| HOTPINK（ホットピンク） | [255, 0, 101] | |
| MAGENTA（マゼンタ） | [255, 0, 255] | |
| ORANGE（オレンジ） | [255, 165, 0] | |
| PINK（ピンク） | [255, 101, 117] | |
| PINKTINT（薄ピンク） | [255, 171, 187] | |
| PURPLE（紫） | [160, 32, 240] | |
| RED（赤） | [255, 0, 0] | |
| REDORANGE（橙色） | [255, 69, 0] | |
| SEAGREEN（シーグリーン） | [0, 250, 109] | |
| SKYBLUE（スカイブルー） | [58, 144, 255] | |
| VIOLET（薄赤紫） | [238, 130, 238] | |
| WHITE（白） | [255, 255, 255] | |
| YELLOW（黄色） | [255, 255, 0] | |
| YELLOWTINT（薄黄色） | [246, 246, 117] |
灰色を指定する色名はhtmlやcssの場合（gray）と綴りが異なるので注意（jVの場合、"gray"と指定すればエラーになります）。
10.3. 配色（color scheme）
10.3.1. アミノ酸
アミノ酸の配色'amino'は以下の通りです。
| アミノ酸 | RGB値 | 色 |
|---|---|---|
| ASP, GLU | [230,230, 10] | |
| CYS, MET | [230,230, 0] | |
| LYS, ARG | [20, 90,255] | |
| SER, THR | [250,150, 0] | |
| PHE, TYR | [50, 50,170] | |
| ASN, GLN | [0,220,220] | |
| GLY | [235,235,235] | |
| LEU, VAL, ILE | [15,130, 15] | |
| ALA | [200,200,200] | |
| TRP | [180, 90,180] | |
| HIS | [130,130,210] | |
| PRO | [220,150,130] | |
| その他 | [190,160,110] |
10.3.2. 鎖
'chain'配色は、各高分子鎖に個別の色を指定します。
10.3.3. 電荷
'charge'配色は各原子の温度因子に従って色分けします。 高温の原子は青く、低温の原子は赤く表現します。
10.3.4. cpk
'cpk'配色では以下に示す要素型に従って原子を色分けします。
| 要素 | RGB値 | 色 |
|---|---|---|
| C | [200, 200, 200] | |
| N | [143, 143, 255] | |
| O | [240, 0, 0] | |
| S | [255, 200, 50] | |
| H | [255, 255, 255] | |
| He | [255, 192, 203] | |
| F, Si, Au | [218, 165, 32] | |
| Na | [0, 0, 255] | |
| P, Fe, Ba | [255, 165, 0] | |
| Al, Ca, Ti, Cr, Mn, Ag | [128, 128, 144] | |
| Ni, Cu, Zn, Br | [165, 42, 42] | |
| I | [160, 32, 240] | |
| B, Cl | [0, 255, 0] | |
| Li | [178, 34, 34] | |
| Mg | [34, 139, 34] | |
| その他 | [255, 20, 147] |
10.3.5 グループ（group）
'group'配色は、高分子鎖中の位置によって残基を色分けします。 タンパク質のN末端、核酸の5'末端を青に、タンパク質のC末端、核酸の3'末端を赤とし、間は段階的に色が変化するように塗り分けられます。
10.3.6 均整配色（shapely）
'shapely'配色では、各残基が下記の通り塗り分けられます。
| 残基 | RGB値 | 色 |
|---|---|---|
| ALA | [140, 255, 140] | |
| GLY | [255, 255, 255] | |
| LEU | [69, 94, 69] | |
| SER | [255, 112, 66] | |
| VAL | [255, 140, 255] | |
| THR | [184, 76, 0] | |
| LYS | [71, 71, 184] | |
| ASP | [160, 0, 66] | |
| ILE | [0, 76, 0] | |
| ASN | [255, 124, 112] | |
| GLU | [102, 0, 0] | |
| PRO | [82, 82, 82] | |
| ARG | [0, 0, 124] | |
| PHE | [83, 76, 66] | |
| GLN | [255, 76, 76] | |
| TYR | [140, 112, 76] | |
| HIS | [112, 112, 255] | |
| CYS | [255, 255, 112] | |
| MET | [184, 160, 66] | |
| TRP | [79, 70, 0] | |
| A | [160, 160, 255] | |
| C | [255, 140, 75] | |
| G | [255, 112, 112] | |
| T | [160, 255, 160] | |
| その他 | [255, 0, 255] |
10.3.7 構造（structure）
'structure'配色では、二次構造に従って下記の通り残基が塗り分けられます。
| 二次構造 | RGB値 | 色 |
|---|---|---|
| αらせん | [255, 0, 128] | |
| βシート | [255, 200, 0] | |
| 折り返し | [96, 128, 255] | |
| なし | [255, 255, 255] |
10.3.8. 温度
'temperature'配色では、各原子の温度因子に従って色分けします。 高温の原子は赤く、低温の原子は青く表現します。
10.3.9. 型（type）
'type'配色では、水素結合の色を、水素供与体と受容体との距離に従って色分けします。
| オフセット | RGB値 | 色 |
|---|---|---|
| +2 | [255, 255, 255] | |
| +3 | [255, 0, 255] | |
| +4 | [255, 0, 0] | |
| +5 | [255, 165, 0] | |
| -3 | [0, 255, 255] | |
| -4 | [0, 255, 0] | |
| その他 | [255, 255, 0] |
10.3.10. 背景色
backgroundコマンドにより背景色を指定できます。既定の背景色は黒（black、[0,0,0]）です。