[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6tai: Crystal structure of Escherichia coli Orotate Phosphoribosyltrans... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tai | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Escherichia coli Orotate Phosphoribosyltransferase with an empty active site at 1.55 Angstrom resolution | ||||||||||||
Components | Orotate phosphoribosyltransferase | ||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Orotate phosphoribosyltransferase (OPRT) | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information pyrimidine ribonucleoside biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.551 Å | ||||||||||||
Authors | Navas-Yuste, S. / Lopez-Estepa, M. / Gomez, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. | ||||||||||||
Funding support | Spain, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2020 Title: Elucidating the Catalytic Reaction Mechanism of Orotate Phosphoribosyltransferase by Means of X-ray Crystallography and Computational Simulations Authors: Roca, M. / Navas-Yuste, S. / Zinovjev, K. / Lopez-Estepa, M. / Gomez, S. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C. / Tunon, I. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tai.cif.gz | 298.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6tai.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 6tai.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6tai_validation.pdf.gz | 446.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6tai_full_validation.pdf.gz | 447.8 KB | Display | |
Data in XML | 6tai_validation.xml.gz | 18.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6tai_validation.cif.gz | 25.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/6tai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/6tai | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6tajC 6takC 1oroS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 23594.967 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: pyrE, b3642, JW3617 / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P0A7E3, orotate phosphoribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-ACT / | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.03 % / Description: Cubic, bipyramidal, and rhombohedral plates |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 20% (w/v) PEG 6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate (pH 5.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 1.03076 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 20, 2019 / Details: Kirkpatrick-Baez (KB) focusing mirrors |
Radiation | Monochromator: Channel-cut Si(111), cryocooled / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03076 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→65.569 Å / Num. obs: 57472 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 20.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.551→1.556 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 510 / CC1/2: 0.68 / Rpim(I) all: 0.407 / Rrim(I) all: 0.997 / % possible all: 89.5 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: wwPDB 1ORO Resolution: 1.551→65.48 Å / SU ML: 0.1935 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.5704
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.551→65.48 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|