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Yorodumi- PDB-6t7n: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with I... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t7n | ||||||
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Title | Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with IPP and Mn | ||||||
Components | Farnesyl diphosphate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) / Trypanosoma cruzi / complex with IPP / Mn | ||||||
Function / homology | Function and homology information transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma cruzi (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with IPP and Mn Authors: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6t7n.cif.gz | 251.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6t7n.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 6t7n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t7n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41205.402 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma cruzi (eukaryote) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8WS26 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 4mM ZnSO4+ 8 mM MES pH:6.50, 12.36% PEG MME 550, 11.57% Glycerol. crystal obtained by microseeding: 160mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.00, 20% PEG 4000, 20% Glycerol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 1.893174 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 22, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.893174 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 58433 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 30.62 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 35.46 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 8979 / CC1/2: 0.873 / Rsym value: 0.43 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.9→49.01 Å / SU ML: 0.1695 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 18.7863 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→49.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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