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Yorodumi- PDB-6msn: Crystal structure of cytosolic fumarate hydratase from Leishmania... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6msn | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of cytosolic fumarate hydratase from Leishmania major in a complex with inhibitor thiomalate | ||||||||||||||||||
Components | fumarate hydratase | ||||||||||||||||||
Keywords | LYASE / inhibitor / cytosolic / fumarate hydratase | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / glycosome / ciliary plasm / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding ...fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / glycosome / ciliary plasm / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Leishmania major (eukaryote) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.591 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Feliciano, P.R. / Drennan, C.L. / Nonato, M.C. | ||||||||||||||||||
Funding support | Brazil, United States, 5items
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Citation | Journal: ACS Chem. Biol. / Year: 2019 Title: Crystal Structures of Fumarate Hydratases from Leishmania major in a Complex with Inhibitor 2-Thiomalate. Authors: Feliciano, P.R. / Drennan, C.L. / Nonato, M.C. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6msn.cif.gz | 450.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6msn.ent.gz | 365.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6msn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6msn_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6msn_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 6msn_validation.xml.gz | 44.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6msn_validation.cif.gz | 68 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/6msn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/6msn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6msoC 5l2rS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 66513.469 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leishmania major (eukaryote) / Gene: LMJF_29_1960 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E9AE57, fumarate hydratase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 Details: 12 % PEG 3,350, 10 mM ammonium citrate tribasic, 16 mM sodium acetate trihydrate, 20 mM sodium formate, 6.4 mM ammonium tartrate dibasic, 12 mM RS-thiomalate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 23, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.59→50 Å / Num. obs: 178641 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.4 % / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 10.16 |
Reflection shell | Resolution: 1.59→1.63 Å / Redundancy: 4.8 % / CC1/2: 0.642 / Rsym value: 0.8 / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5L2R Resolution: 1.591→48.955 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 14.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.591→48.955 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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