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Yorodumi- PDB-6hfx: Crystal structure of Extracellular Domain 1 (ECD1) of FtsX from S... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hfx | ||||||
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Title | Crystal structure of Extracellular Domain 1 (ECD1) of FtsX from S. pneumonie in complex with n-decyl-B-D-maltoside | ||||||
Components | Cell division protein FtsX | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Divisome | ||||||
Function / homology | Function and homology information cell cycle / cell division site / membrane => GO:0016020 / cell division / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.16 Å | ||||||
Authors | Alcorlo Pages, M. / Martinez-Caballero, S. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2019 Title: Structure of the Large Extracellular Loop of FtsX and Its Interaction with the Essential Peptidoglycan Hydrolase PcsB in Streptococcus pneumoniae. Authors: Rued, B.E. / Alcorlo, M. / Edmonds, K.A. / Martinez-Caballero, S. / Straume, D. / Fu, Y. / Bruce, K.E. / Wu, H. / Havarstein, L.S. / Hermoso, J.A. / Winkler, M.E. / Giedroc, D.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6hfx.cif.gz | 111.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6hfx.ent.gz | 87 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6hfx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6hfx_validation.pdf.gz | 622.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6hfx_full_validation.pdf.gz | 634.1 KB | Display | |
Data in XML | 6hfx_validation.xml.gz | 12.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6hfx_validation.cif.gz | 15.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/6hfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/6hfx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6he6SC 6heeC 6mk7C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13012.221 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Gene: ERS044004_00806 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A0I6INF5, UniProt: Q04LE4*PLUS #2: Sugar | ChemComp-DMU / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.73 % / Description: Bipyramidal |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M Sodium Citrate pH=5.6, 0.2 M Potassium-Sodium Tartrate and 2M Amonium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.979257 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979257 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.16→46.58 Å / Num. obs: 28508 / % possible obs: 98.85 % / Redundancy: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 23.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.16→46.58 Å / Rmerge(I) obs: 1.526 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 1.563 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6HE6 Resolution: 2.16→46.576 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 40.59
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.16→46.576 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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