+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6det | ||||||
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Title | The crystal structure of Tv2483 bound to L-arginine | ||||||
Components | Tv2483 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / amino-acid-binding protein / ligand-binding protein | ||||||
Function / homology | Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / ARGININE / PBPb domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Treponema vincentii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Brautigam, C.A. / Norgard, M.V. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2018 Title: Biophysical insights into a highly selective l-arginine-binding lipoprotein of a pathogenic treponeme. Authors: Deka, R.K. / Liu, W.Z. / Tso, S.C. / Norgard, M.V. / Brautigam, C.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6det.cif.gz | 156.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6det.ent.gz | 125 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6det.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6det_validation.pdf.gz | 696.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6det_full_validation.pdf.gz | 697.3 KB | Display | |
Data in XML | 6det_validation.xml.gz | 11.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6det_validation.cif.gz | 15.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/6det ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/6det | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30197.230 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Treponema vincentii (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: S3MDF0 |
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#2: Chemical | ChemComp-ARG / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (v/v) isopropanol, 20% (w/v) PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97953 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97953 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→81.6 Å / Num. obs: 33458 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 4.4 % / Net I/σ(I): 22.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.75→42.002 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.95
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→42.002 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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