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Yorodumi- PDB-6b55: Crystal structure of the Plant Defensin NaD1 complexed with phosp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b55 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Plant Defensin NaD1 complexed with phosphatidic acid | ||||||
Components | Flower-specific defensin | ||||||
Keywords | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial / antifungal / defensin / PLANT PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information vacuole / defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Nicotiana alata (Persian tobacco) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Jarva, M. / Phan, K. / Humble, C. / Lay, F.T. / Hulett, M. / Kvansakul, M. | ||||||
Funding support | Australia, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: X-ray structure of a carpet-like antimicrobial defensin-phospholipid membrane disruption complex. Authors: Jarva, M. / Lay, F.T. / Phan, T.K. / Humble, C. / Poon, I.K.H. / Bleackley, M.R. / Anderson, M.A. / Hulett, M.D. / Kvansakul, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6b55.cif.gz | 403.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6b55.ent.gz | 340.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6b55.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b55 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4aazS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/530 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein/peptide , 1 types, 20 molecules ABCDEFGHIJKLMNOPQRST
#1: Protein/peptide | Mass: 5386.455 Da / Num. of mol.: 20 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nicotiana alata (Persian tobacco) / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: Q8GTM0 |
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-Non-polymers , 5 types, 478 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PA8 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PGE / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.89 Details: 28% PEG 4000, 1M sodium chloride, 0.1M trisodium-citrate-citric acid, pH 5.89 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 20, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→47.06 Å / Num. obs: 41102 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 33.58 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4AAZ Resolution: 2.5→44.469 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.4
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.8 Å2 / Biso mean: 43.3408 Å2 / Biso min: 12.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→44.469 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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