+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5g5i | ||||||
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Title | S. enterica HisA mutant D10G | ||||||
Components | 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / HISA / PROTEIN EVOLUTION / IAD MODEL / TRPF | ||||||
Function / homology | Function and homology information 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.001 Å | ||||||
Authors | Guo, X. / Soderholm, A. / Newton, M. / Nasvall, J. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes. Authors: Newton, M.S. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Lundstrom, P. / Andersson, D.I. / Selmer, M. / Patrick, W.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5g5i.cif.gz | 104.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5g5i.ent.gz | 82 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5g5i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5g5i_validation.pdf.gz | 444.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5g5i_full_validation.pdf.gz | 447.1 KB | Display | |
Data in XML | 5g5i_validation.xml.gz | 11.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5g5i_validation.cif.gz | 15.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/5g5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/5g5i | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ab3C 5ac7C 5ac8C 5g1tSC 5g1yC 5g2hC 5g2iC 5g2wC 5g4eC 5g4wC 5l6uC 5l9fC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27073.891 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica (bacteria) / Gene: hisA, EA588_15715 / Plasmid: PEXP5-CT / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: A0A5T2G6F4, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EPE / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 47 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES, PH7.5; 0.8M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE; 0.8M POTASSIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.91637 |
Detector | Detector: CCD / Date: Mar 7, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91637 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 18463 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.35 / Redundancy: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 25.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.82 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.12 Å / Redundancy: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 5G1T Resolution: 2.001→47.015 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 2 / Phase error: 19.22 / Stereochemistry target values: ML / Details: RESIDUES 16-23, 176-183, 245-256 ARE DISORDERED
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.001→47.015 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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