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Yorodumi- PDB-5cvt: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cvt | ||||||
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Title | Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE containing 5-fluorotryptophan, pH 5.4 | ||||||
Components | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acetobacter aceti 1023 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Sullivan, K.L. / Kappock, T.J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE Authors: Sullivan, K.L. / Tranchimand, S. / Kappock, T.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cvt.cif.gz | 142.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cvt.ent.gz | 111.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cvt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5cvt_validation.pdf.gz | 473.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5cvt_full_validation.pdf.gz | 474.1 KB | Display | |
Data in XML | 5cvt_validation.xml.gz | 17 KB | Display | |
Data in CIF | 5cvt_validation.cif.gz | 24.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/5cvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/5cvt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ycbSC 4yccC 4ycdC 4ycjC 5clfC 5clgC 5clhC 5cliC 5cljC 5ctjC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 18822.631 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: W34F,Y165F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetobacter aceti 1023 (bacteria) / Gene: purE, AZ09_02690 / Plasmid: pET23a / Details (production host): pJK698 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase |
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-Non-polymers , 5 types, 264 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-K / | #5: Chemical | ChemComp-PGF / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 Details: 21% (w/v) PEG 4000, 190 mM ammonium acetate, 90 mM sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2015 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→50 Å / Num. obs: 39768 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 16.1 % / Biso Wilson estimate: 22.15 Å2 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 37.46 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.82 Å / Redundancy: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.908 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4ycb Resolution: 1.78→42.64 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→42.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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