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Yorodumi- PDB-4uej: Closed state of galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase from E. co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uej | ||||||
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Title | Closed state of galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase from E. coli in complex with glycerol. | ||||||
Components | GALACTITOL-1-PHOSPHATE 5-DEHYDROGENASE | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase / galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase activity / galactitol catabolic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ESCHERICHIA COLI (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | ||||||
Authors | Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Kohring, G.W. / Cortes-Cabrera, A. / Gago, F. / Acebron, I. / de las Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2015 Title: Enantioselective Oxidation of Galactitol 1-Phosphate by Galactitol-1-Phosphate 5-Dehydrogenase from Escherichia Coli Authors: Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Kohring, G.W. / Cortes-Cabrera, A. / Sanchez-Murcia, P.A. / Gago, F. / Acebron, I. / De Las Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uej.cif.gz | 289.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uej.ent.gz | 234.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uej.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4uej_validation.pdf.gz | 457 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4uej_full_validation.pdf.gz | 462.1 KB | Display | |
Data in XML | 4uej_validation.xml.gz | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4uej_validation.cif.gz | 49.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uej | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4uekC 4ueoC 4a2cS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37430.066 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: P0A9S3, galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 45 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.96885 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96885 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.74→45.19 Å / Num. obs: 10144 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.74→1.83 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4A2C Resolution: 1.74→41.672 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.74→41.672 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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