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Yorodumi- PDB-4tyx: Structure of aquoferric sperm whale myoglobin L29H/F33Y/F43H/S92A... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tyx | ||||||
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Title | Structure of aquoferric sperm whale myoglobin L29H/F33Y/F43H/S92A mutant | ||||||
Components | Myoglobin | ||||||
Keywords | OXYGEN TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE / Globin / Artificial / Engineered | ||||||
Function / homology | Function and homology information Oxidoreductases; Acting on other nitrogenous compounds as donors / nitrite reductase activity / sarcoplasm / Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Physeter catodon (sperm whale) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.64 Å | ||||||
Authors | Bhagi-Damodaran, A. / Petrik, I.D. / Robinson, H. / Lu, Y. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2014 Title: Systematic tuning of heme redox potentials and its effects on O2 reduction rates in a designed oxidase in myoglobin. Authors: Bhagi-Damodaran, A. / Petrik, I.D. / Marshall, N.M. / Robinson, H. / Lu, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tyx.cif.gz | 83.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4tyx.ent.gz | 60.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tyx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4tyx_validation.pdf.gz | 807.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4tyx_full_validation.pdf.gz | 810.8 KB | Display | |
Data in XML | 4tyx_validation.xml.gz | 10.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4tyx_validation.cif.gz | 14.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4tyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4tyx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4fwxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17250.914 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S92A,F33Y,L29H,F43H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Physeter catodon (sperm whale) / Gene: MB / Plasmid: pT7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P02185 |
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#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 282 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M NaMES pH 6.57, 0.02M Tris sulfate pH 8, 0.2M NaOAc, 30% PEG 6K PH range: 6.57 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Cryostream | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 5, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.64→50 Å / Num. obs: 18486 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 21.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 1.331 / Net I/av σ(I): 31.76 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 278363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FWX Resolution: 1.64→40.657 Å / FOM work R set: 0.8791 / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.26 Å2 / Biso mean: 25.23 Å2 / Biso min: 10.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.64→40.657 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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