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Yorodumi- PDB-4qjk: Crystal structure of M. tuberculosis phosphopantetheinyl transfer... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qjk | ||||||
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Title | Crystal structure of M. tuberculosis phosphopantetheinyl transferase PptT | ||||||
Components | Phosphopantetheinyl transferase PptT | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Phosphopantetheinyl Transferase / CoA Binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information siderophore metabolic process / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.59 Å | ||||||
Authors | Noel, J.P. / Burkart, M.D. / Vickery, C.R. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2014 Title: Structure, biochemistry, and inhibition of essential 4'-phosphopantetheinyl transferases from two species of mycobacteria. Authors: Vickery, C.R. / Kosa, N.M. / Casavant, E.P. / Duan, S. / Noel, J.P. / Burkart, M.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qjk.cif.gz | 99.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qjk.ent.gz | 83.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qjk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4qjk_validation.pdf.gz | 746.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4qjk_full_validation.pdf.gz | 746.7 KB | Display | |
Data in XML | 4qjk_validation.xml.gz | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4qjk_validation.cif.gz | 20.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/4qjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/4qjk | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25996.223 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: H37Rv / Gene: NP_217310, pptT, Rv2794c, RVBD_2794c / Plasmid: pET24b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL-21 DE3 References: UniProt: O33336, holo-[acyl-carrier-protein] synthase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-COA / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M lithium sulfate, 30% (w/v) PEG 8000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.9794 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 4, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.54→41.23 Å / Num. all: 44369 / Num. obs: 44112 / % possible obs: 99.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.59→41.23 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.59→41.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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