+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4psn | ||||||
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Title | Crystal structure of apeThermo-DBP-RP2 | ||||||
Components | ssDNA binding protein | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / ssDNA binding protein | ||||||
Function / homology | : / Thermo-DBP-RP2 C-terminal domain / ThermoDBP-related, archaea / ThermoDBP-related, archaea / IMIDAZOLE / Thermo-DBP-RP2-like C-terminal domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Aeropyrum pernix (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Gahlei, H. / von Moeller, H. / Eppers, D. / Loll, B. / Wahl, M.C. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2014 Title: Entrapment of DNA in an intersubunit tunnel system of a single-stranded DNA-binding protein. Authors: Ghalei, H. / Moeller, H.v. / Eppers, D. / Sohmen, D. / Wilson, D.N. / Loll, B. / Wahl, M.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4psn.cif.gz | 361.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4psn.ent.gz | 308.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4psn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4psn_validation.pdf.gz | 482.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4psn_full_validation.pdf.gz | 492.9 KB | Display | |
Data in XML | 4psn_validation.xml.gz | 35.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4psn_validation.cif.gz | 49.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4psn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4psn | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26768.100 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aeropyrum pernix (archaea) Strain: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 Gene: APE_1866.1 / Plasmid: pET-M11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / References: UniProt: Q9YAS7 #2: Chemical | ChemComp-IMD / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1 M imidazole, pH 8.0, 0.4 M NaH2PO4, 1.6 M K2HPO4, 0.2 M NaCl and 0.25 M glycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: May 7, 2010 |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. all: 125145 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Redundancy: 5.9 % / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.05→32.727 Å / SU ML: 0.25 / Phase error: 20.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.614 Å2 / ksol: 0.419 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→32.727 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -15.3485 Å / Origin y: -15.9074 Å / Origin z: 38.1118 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |