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Yorodumi- PDB-4afl: The crystal structure of the ING4 dimerization domain reveals the... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4afl | ||||||
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Title | The crystal structure of the ING4 dimerization domain reveals the functional organization of the ING family of chromatin binding proteins. | ||||||
Components | INHIBITOR OF GROWTH PROTEIN 4 | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / TUMOUR SUPPRESSOR / CHROMATIN REMODELLING | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA replication-dependent chromatin disassembly / regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of growth / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intermediate filament cytoskeleton / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / protein acetylation / histone acetyltransferase complex / methylated histone binding / regulation of cell growth ...DNA replication-dependent chromatin disassembly / regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of growth / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intermediate filament cytoskeleton / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / protein acetylation / histone acetyltransferase complex / methylated histone binding / regulation of cell growth / HATs acetylate histones / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.275 Å | ||||||
Authors | Culurgioni, S. / Munoz, I.G. / Moreno, A. / Palacios, A. / Villate, M. / Palmero, I. / Montoya, G. / Blanco, F.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Crystal Structure of Inhibitor of Growth 4 (Ing4) Dimerization Domain Reveals Functional Organization of Ing Family of Chromatin-Binding Proteins. Authors: Culurgioni, S. / Munoz, I.G. / Moreno, A. / Palacios, A. / Villate, M. / Palmero, I. / Montoya, G. / Blanco, F.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4afl.cif.gz | 246.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4afl.ent.gz | 212.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4afl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4afl_validation.pdf.gz | 456.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4afl_full_validation.pdf.gz | 460.9 KB | Display | |
Data in XML | 4afl_validation.xml.gz | 22.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4afl_validation.cif.gz | 32.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/4afl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/4afl | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 12401.243 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: N-TERMINAL DIMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 2-105 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9UNL4 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: 24% PEG 3350, 0.1 M BISTRIS- PROPANE PH:7.5, 0.4 M SODIUM NITRATE, 10% OPTISALT SOLUTION 6, SILVER BULLET ADDITIVE 3. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.979 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2009 |
Radiation | Monochromator: SILICON (1 1 1) CHANNEL-CUT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.27→47.09 Å / Num. obs: 34302 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 35.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.27→2.4 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 2.275→44.688 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.912 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.275→44.688 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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