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Yorodumi- PDB-3tzs: Crystal structure of Neutrophil gelatinase-associated lipocalin N... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tzs | ||||||
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Title | Crystal structure of Neutrophil gelatinase-associated lipocalin NGAL (C87S mutant) in complex with fragment 1026, phenylurea | ||||||
Components | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | ||||||
Keywords | APOPTOSIS / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / iron trafficking / lipocalin / siderocalin / fragment based drug design / FBDD / Fragments of Life / EBSI-01644 | ||||||
Function / homology | Function and homology information siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / Neutrophil degranulation / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Parsing the functional specificity of Siderocalin / Lipocalin 2 / NGAL for siderophores and related small-molecule ligands Authors: Clifton, M.C. / Rupert, P.B. / Hoette, T.M. / Raymond, K.N. / Abergel, R.J. / Strong, R.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tzs.cif.gz | 221.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tzs.ent.gz | 178.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tzs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3tzs_validation.pdf.gz | 486.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3tzs_full_validation.pdf.gz | 490.3 KB | Display | |
Data in XML | 3tzs_validation.xml.gz | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | 3tzs_validation.cif.gz | 31.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzs | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3cmpC 3hwdC 3hweC 3hwfC 3hwgC 3i0aC 3k3lC 3tf6SC 3tnyC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 21041.971 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: C87S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HNL, LCN2, NGAL, Oncogene 24p3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P80188 |
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-Non-polymers , 5 types, 176 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PHU / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: HosaA.18070.a protein at 10 mg/mL against 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate with 15% glycerol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...Details: HosaA.18070.a protein at 10 mg/mL against 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate with 15% glycerol as cryo-protectant, crystal tracking ID 224571a10, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.03322 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 12, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03322 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. all: 30343 / Num. obs: 30248 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 37.733 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 11.49 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3TF6 Resolution: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.2252 / WRfactor Rwork: 0.1859 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8533 / SU B: 12.681 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.2902 / SU Rfree: 0.2184 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.218 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.53 Å2 / Biso mean: 31.3309 Å2 / Biso min: 13.72 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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