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Yorodumi- PDB-3skq: Mdm38 is a 14-3-3-like receptor and associates with the protein s... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3skq | ||||||
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Title | Mdm38 is a 14-3-3-like receptor and associates with the protein synthesis machinery at the inner mitochondrial membrane | ||||||
Components | Mitochondrial distribution and morphology protein 38 | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / 14-3-3-like membrane protein / mitochondrial ribosome / respiratory chain biogenesis / Letm1 homolog / 14-3-3 like fold / Ribosome binding receptor / Ribosomes / Mitochondrial inner membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / protein insertion into mitochondrial inner membrane from matrix / mitochondrial ribosome binding / intracellular potassium ion homeostasis / positive regulation of mitochondrial translation / proton transmembrane transport / potassium ion transport / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / mitochondrion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Lupo, D. / Tews, I. / Sinning, I. | ||||||
Citation | Journal: Traffic / Year: 2011 Title: Mdm38 is a 14-3-3-Like Receptor and Associates with the Protein Synthesis Machinery at the Inner Mitochondrial Membrane. Authors: Lupo, D. / Vollmer, C. / Deckers, M. / Mick, D.U. / Tews, I. / Sinning, I. / Rehling, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3skq.cif.gz | 109.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3skq.ent.gz | 84.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3skq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3skq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28873.141 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: C-terminal fragment, UNP residues 160-408 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Gene: MDM38, YOL027C / Plasmid: pGEX4t3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 Codon Plus R (DE3) -Ril / References: UniProt: Q08179 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | ChemComp-K / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.25M KI and 21% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.9334 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9334 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. all: 44933 / Num. obs: 16561 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 2141 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→30 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.288 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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