+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3p9c | ||||||
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Title | Crystal structure of perennial ryegrass LpOMT1 bound to SAH | ||||||
Components | Caffeic acid O-methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / S-adenosylmethionine dependent O-methyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information catechol O-methyltransferase activity / : / : / catechol O-methyltransferase / methylation / protein dimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Lolium perenne (perennial ryegrass) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Louie, G.V. / Noel, J.P. / Bowman, M.E. | ||||||
Citation | Journal: Plant Cell / Year: 2010 Title: Structure-Function Analyses of a Caffeic Acid O-Methyltransferase from Perennial Ryegrass Reveal the Molecular Basis for Substrate Preference. Authors: Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Tu, Y. / Mouradov, A. / Spangenberg, G. / Noel, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3p9c.cif.gz | 92.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3p9c.ent.gz | 66.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3p9c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p9c | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3p9iC 3p9kC 1kyzS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 39146.754 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lolium perenne (perennial ryegrass) / Gene: LpOMT1, OMT1 / Plasmid: pHIS8 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9ZTU2, catechol O-methyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 319 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SAH / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-DTV / ( | ||
#4: Chemical | ChemComp-ACT / | ||
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.66 Å3/Da / Density % sol: 66.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris-HCl, 21% (w/v) PEG 8000, 0.2 M calcium acetate, 2 mM dithiothreitol, 2.5 mM S-adenosyl-L-homocysteine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2009 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→47.015 Å / Num. all: 66556 / Num. obs: 65047 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.2 % / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 10.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1KYZ Resolution: 1.8→47.015 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8467 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: Maximum likelihood
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Solvent computation | Bsol: 42.7444 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.27 Å2 / Biso mean: 26.0086 Å2 / Biso min: 6.79 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→47.015 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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