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Yorodumi- PDB-3ced: Crystal structure of the C-terminal NIL domain of an ABC transpor... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ced | ||||||
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Title | Crystal structure of the C-terminal NIL domain of an ABC transporter protein homologue from Staphylococcus aureus | ||||||
Components | Methionine import ATP-binding protein metN 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ABC transporter / NIL domain / Staphylococcus aureus / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Amino-acid transport / ATP-binding / Membrane / Nucleotide-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information ABC-type methionine transporter / ABC-type amino acid transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: The structure of the C-terminal NIL domain of an ABC transporter protein homologue from Staphylococcus aureus. Authors: Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ced.cif.gz | 75.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ced.ent.gz | 60.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ced.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ced_validation.pdf.gz | 438.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ced_full_validation.pdf.gz | 439.3 KB | Display | |
Data in XML | 3ced_validation.xml.gz | 17 KB | Display | |
Data in CIF | 3ced_validation.cif.gz | 24.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3ced ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3ced | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-Components
#1: Protein | Mass: 11019.340 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: NIL domain: Residues 247-341 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Species: Staphylococcus aureus / Strain: Mu50 / Gene: metN2, SAV0837 / Plasmid: pMCSG7 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q99VG8, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to catalyse transmembrane movement of substances #2: Chemical | ChemComp-BU1 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.39 Å3/Da / Density % sol: 71.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 20% 1,4-Butanediol, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9793, 0.9795 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 7, 2008 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 16.3 % / Av σ(I) over netI: 8.2 / Number: 526788 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.46 / D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32344 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. all: 32344 / Num. obs: 32344 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 16.3 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.46 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.2 Å / Redundancy: 16.5 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2279 / Χ2: 0.687 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.413 / FOM acentric: 0.428 / FOM centric: 0.285 / Reflection: 32206 / Reflection acentric: 28941 / Reflection centric: 3265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 2.15 Å / Lowest resolution: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.15→35.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.053 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.14 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.948 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→35.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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