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- PDB-1h21: A novel iron centre in the split-Soret cytochrome c from Desulfov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h21
タイトルA novel iron centre in the split-Soret cytochrome c from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774
要素SPLIT-SORET CYTOCHROME C
キーワードCYTOCHROME / DIMERIC DI-HEME CYTOCHROME / STACKED HEME ARRANGEMENT / NOVEL FOLD / NOVEL IRON-SULFUR CENTRE / ELECTRON TRANSPORT / SULFATE RESPIRATION
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic respiration / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CGCAxxGCC motif / Putative redox-active protein (C_GCAxxG_C_C) / Multiheme cytochrome superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Split-Soret cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Abreu, I.A. / Lourenco, A.I. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Coelho, A.V. / Matias, P.M. / Pinto, D.M. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Saraiva, L.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2003
タイトル: A Novel Iron Centre in the Split-Soret Cytochrome C from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774
著者: Abreu, I.A. / Lourenco, A.I. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Coelho, A.V. / Matias, P.M. / Pinto, D.M. / Armenia Carrondo, M. / Teixeira, M. / Saraiva, L.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1997
タイトル: A Preliminary Analysis of the Three Dimensional Structure of Dimeric Di-Haem Split-Soret Cytochrome C from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 at 2.5 A Resolution Using the MAD ...タイトル: A Preliminary Analysis of the Three Dimensional Structure of Dimeric Di-Haem Split-Soret Cytochrome C from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 at 2.5 A Resolution Using the MAD Phasing Method: A Novel Cytochrome Fold with a Stacked Haem Arrangement
著者: Matias, P.M. / Morais, J. / Coelho, A.V. / Meijers, R. / Gonzalez, A. / Thompson, A.W. / Sieker, L. / Legall, J. / Carrondo, M.A.
履歴
置き換え2002年7月30日ID: 1DDC
登録2002年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPLIT-SORET CYTOCHROME C
B: SPLIT-SORET CYTOCHROME C
C: SPLIT-SORET CYTOCHROME C
D: SPLIT-SORET CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,70612
ポリマ－107,7584
非ポリマー4,9488
水3,387188
1
A: SPLIT-SORET CYTOCHROME C
B: SPLIT-SORET CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3536
ポリマ－53,8792
非ポリマー2,4744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: SPLIT-SORET CYTOCHROME C
D: SPLIT-SORET CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3536
ポリマ－53,8792
非ポリマー2,4744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.060, 100.130, 109.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.93011, 0.05726, 0.36279), (0.0154, -0.98082, 0.19428), (0.36696, 0.18629, 0.91139)129.47571, -13.45994, -23.49785
2given(-0.93141, 0.05568, 0.35969), (0.01592, -0.98105, 0.19311), (0.36362, 0.18559, 0.91287)129.6824, -13.46635, -23.31216

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要素

#1: タンパク質
SPLIT-SORET CYTOCHROME C / DIMERIC DI-HEME SPLIT-SORET CYTOCHROME C


分子量: 26939.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
参照: UniProt: P81040
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細GENBANK ENTRY AF465622 IS ON HOLD PENDING MANUSCRIPT ACCEPTANCE FOR PUBLICATION. SEQADV RECORDS ...GENBANK ENTRY AF465622 IS ON HOLD PENDING MANUSCRIPT ACCEPTANCE FOR PUBLICATION. SEQADV RECORDS BELOW ARE DUE TO ERRORS IN SWS P81040 THAT WERE CORRECTED IN AF465622

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM A SOLUTION CONTAINING 0.1-0.2 % (W/V) AGAROSE IN 12-15 % PEG 8K, 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Matias, P.M., (1997) J.Biol.Inorg.Chem., 2, 507.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
217-19 %(w/v)PEG80001drop
30.1 Msodium acetate1droppH5.0
40.1-0.2 %(w/v)agarose1reservoir
512-15 %PEG80001reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoirpH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.7401
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7401 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 34228 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: FIRST 7 RESIDUES NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1681 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 34127 92.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.04 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7384 0 344 188 7916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.76
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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