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- PDB-1avq: TOROIDAL STRUCTURE OF LAMBDA EXONUCLEASE DETERMINED AT 2.4 ANGSTROMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1avq
タイトルTOROIDAL STRUCTURE OF LAMBDA EXONUCLEASE DETERMINED AT 2.4 ANGSTROMS
要素LAMBDA EXONUCLEASE
キーワードDEOXYRIBONUCLEASE / DNA RECOMBINATION AND REPAIR / 5'-3' EXONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YqaJ viral recombinase / : / YqaJ-like viral recombinase domain / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / Lambda Exonuclease; Chain A / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / Exonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MIR WITH ANOMALOUS DISPERSION / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kovall, R.A. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Toroidal structure of lambda-exonuclease.
著者: Kovall, R. / Matthews, B.W.
履歴
登録1997年9月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAMBDA EXONUCLEASE
B: LAMBDA EXONUCLEASE
C: LAMBDA EXONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,01910
ポリマ－78,4973
非ポリマー5217
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.700, 156.700, 131.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LAMBDA EXONUCLEASE / RED ALPHA


分子量: 26165.809 Da / 分子数: 3 / 変異: 20 AMINO ACID N-TERMINAL HIS-TAG / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET-28(A+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS
参照: UniProt: P03697, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化温度: 277 K / pH: 4.7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.2 M NH2SO4, 0.2 M NACL 0.1 M NAACETATE PH 4.7, AT 4 DEGREES CELSIUS., temperature 277K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.2 Mammonium salfate11
20.2 M11NaCl
30.1 Msodium acetate11

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 62855 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 94.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 291671 / Rmerge(I) obs: 0.055

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5E精密化
XTALVIEW精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MIR WITH ANOMALOUS DISPERSION / 解像度: 2.4→30 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO / 詳細: ANISOTROPIC SCALE FACTORS: B11 B22=7.26 B33=-14.53
Rfactor反射数%反射
Rwork0.198 --
all-62855 -
obs-62855 97 %
溶媒の処理溶媒モデル: TNT SOLVENT MODEL / Bsol: 235 Å2 / ksol: 0.922 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5486 0 31 416 5933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01756471
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.675981.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.9533210
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0191441.1
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0188154.8
X-RAY DIFFRACTIONt_it5.8556351.2
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0278810
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.950
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0191.1
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0184.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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