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Yorodumi- PDB-5nt1: Complex of influenza A NS1 effector domain with TRIM25 coiled coil -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nt1 | ||||||
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Title | Complex of influenza A NS1 effector domain with TRIM25 coiled coil | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / Viral protein/host protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / Inhibition of IFN-beta / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / RIG-I binding / regulation of viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / suppression of viral release by host / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling ...: / Inhibition of IFN-beta / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / RIG-I binding / regulation of viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / suppression of viral release by host / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / negative regulation of viral entry into host cell / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to vitamin D / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / RSV-host interactions / ligase activity / protein monoubiquitination / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Viral mRNA Translation / viral release from host cell / protein K48-linked ubiquitination / ERAD pathway / antiviral innate immune response / cellular response to leukemia inhibitory factor / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / RING-type E3 ubiquitin transferase / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / cytoplasmic stress granule / response to estrogen / ubiquitin-protein transferase activity / regulation of protein localization / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon gamma signaling / ubiquitin protein ligase activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / response to oxidative stress / host cell cytoplasm / nuclear body / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / cadherin binding / innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Influenza A virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.82 Å | ||||||
Authors | Koliopoulos, M.G. / Rittinger, K. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: Molecular mechanism of influenza A NS1-mediated TRIM25 recognition and inhibition. Authors: Koliopoulos, M.G. / Lethier, M. / van der Veen, A.G. / Haubrich, K. / Hennig, J. / Kowalinski, E. / Stevens, R.V. / Martin, S.R. / Reis E Sousa, C. / Cusack, S. / Rittinger, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nt1.cif.gz | 369.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nt1.ent.gz | 306.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nt1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nt1_validation.pdf.gz | 471.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5nt1_full_validation.pdf.gz | 480 KB | Display | |
Data in XML | 5nt1_validation.xml.gz | 30.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5nt1_validation.cif.gz | 40.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/5nt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/5nt1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5nt2C 6flmC 6flnC 4ltbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22011.930 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TRIM25, EFP, RNF147, ZNF147 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q14258, Ligases; Forming carbon-nitrogen bonds; Acid-amino-acid ligases (peptide synthases), RING-type E3 ubiquitin transferase #2: Protein | Mass: 17084.688 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1) Strain: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / Gene: NS / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P03496 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.62 Å3/Da / Density % sol: 73.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 100 mM Tris pH 8.5 25 % PEG 600 200 mM sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.82→48.68 Å / Num. obs: 52603 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.82→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3878 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4LTB Resolution: 2.82→48.685 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.49 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.82→48.685 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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